VDJviz: a versatile browser for immunogenomics data
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14740%2F16%3A00090969" target="_blank" >RIV/00216224:14740/16:00090969 - isvavai.cz</a>
Výsledek na webu
<a href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4907000/pdf/12864_2016_Article_2799.pdf" target="_blank" >https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4907000/pdf/12864_2016_Article_2799.pdf</a>
DOI - Digital Object Identifier
<a href="http://dx.doi.org/10.1186/s12864-016-2799-7" target="_blank" >10.1186/s12864-016-2799-7</a>
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
VDJviz: a versatile browser for immunogenomics data
Popis výsledku v původním jazyce
Background: The repertoire of T- and B-cell receptor sequences encodes the antigen specificity of adaptive immunity system, determines its present state and guides its ability to mount effective response against encountered antigens in future. High throughput sequencing of immune repertoires (Rep-Seq) is a promising technique that allows to profile millions of antigen receptors of an individual in a single experiment. While a substantial number of tools for mapping and assembling Rep-Seq data were published recently, the field still lacks an intuitive and flexible tool that can be used by researchers with little or no computational background for in-depth analysis of immune repertoire profiles. Results: Here we report VDJviz, a web tool that can be used to browse, analyze and perform quality control of Rep-Seq results generated by various pre-processing software.
Název v anglickém jazyce
VDJviz: a versatile browser for immunogenomics data
Popis výsledku anglicky
Background: The repertoire of T- and B-cell receptor sequences encodes the antigen specificity of adaptive immunity system, determines its present state and guides its ability to mount effective response against encountered antigens in future. High throughput sequencing of immune repertoires (Rep-Seq) is a promising technique that allows to profile millions of antigen receptors of an individual in a single experiment. While a substantial number of tools for mapping and assembling Rep-Seq data were published recently, the field still lacks an intuitive and flexible tool that can be used by researchers with little or no computational background for in-depth analysis of immune repertoire profiles. Results: Here we report VDJviz, a web tool that can be used to browse, analyze and perform quality control of Rep-Seq results generated by various pre-processing software.
Klasifikace
Druh
J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP obor
EB - Genetika a molekulární biologie
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
—
Návaznosti
I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace
Ostatní
Rok uplatnění
2016
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
BMC Genomics
ISSN
1471-2164
e-ISSN
—
Svazek periodika
17
Číslo periodika v rámci svazku
June
Stát vydavatele periodika
GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska
Počet stran výsledku
11
Strana od-do
—
Kód UT WoS článku
000378378500001
EID výsledku v databázi Scopus
—