High-Throughput Immunogenetics for Clinical and Research Applications in Immunohematology: Potential and Challenges
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14740%2F17%3A00100395" target="_blank" >RIV/00216224:14740/17:00100395 - isvavai.cz</a>
Výsledek na webu
<a href="http://www.jimmunol.org/content/198/10/3765" target="_blank" >http://www.jimmunol.org/content/198/10/3765</a>
DOI - Digital Object Identifier
<a href="http://dx.doi.org/10.4049/jimmunol.1602050" target="_blank" >10.4049/jimmunol.1602050</a>
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
High-Throughput Immunogenetics for Clinical and Research Applications in Immunohematology: Potential and Challenges
Popis výsledku v původním jazyce
Analysis and interpretation of Ig and TCR gene rearrangements in the conventional, low-throughput way have their limitations in terms of resolution, coverage, and biases. With the advent of high-throughput, nextgeneration sequencing (NGS) technologies, a deeper analysis of Ig and/or TCR (IG/TR) gene rearrangements is now within reach, which impacts on all main applications of IG/TR immunogenetic analysis. To bridge the generation gap from low-to high-throughput analysis, the EuroClonality-NGS Consortium has been formed, with the main objectives to develop, standardize, and validate the entire workflow of IG/TR NGS assays for 1) clonality assessment, 2) minimal residual disease detection, and 3) repertoire analysis. This concerns the preanalytical (sample preparation, target choice), analytical (amplification, NGS), and postanalytical (immunoinformatics) phases. Here we critically discuss pitfalls and challenges of IG/TR NGS methodology and its applications in hemato-oncology and immunology.
Název v anglickém jazyce
High-Throughput Immunogenetics for Clinical and Research Applications in Immunohematology: Potential and Challenges
Popis výsledku anglicky
Analysis and interpretation of Ig and TCR gene rearrangements in the conventional, low-throughput way have their limitations in terms of resolution, coverage, and biases. With the advent of high-throughput, nextgeneration sequencing (NGS) technologies, a deeper analysis of Ig and/or TCR (IG/TR) gene rearrangements is now within reach, which impacts on all main applications of IG/TR immunogenetic analysis. To bridge the generation gap from low-to high-throughput analysis, the EuroClonality-NGS Consortium has been formed, with the main objectives to develop, standardize, and validate the entire workflow of IG/TR NGS assays for 1) clonality assessment, 2) minimal residual disease detection, and 3) repertoire analysis. This concerns the preanalytical (sample preparation, target choice), analytical (amplification, NGS), and postanalytical (immunoinformatics) phases. Here we critically discuss pitfalls and challenges of IG/TR NGS methodology and its applications in hemato-oncology and immunology.
Klasifikace
Druh
J<sub>imp</sub> - Článek v periodiku v databázi Web of Science
CEP obor
—
OECD FORD obor
30102 - Immunology
Návaznosti výsledku
Projekt
—
Návaznosti
I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace
Ostatní
Rok uplatnění
2017
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
Journal of immunology
ISSN
0022-1767
e-ISSN
—
Svazek periodika
198
Číslo periodika v rámci svazku
10
Stát vydavatele periodika
US - Spojené státy americké
Počet stran výsledku
10
Strana od-do
3765-3774
Kód UT WoS článku
000401137200001
EID výsledku v databázi Scopus
2-s2.0-85019694574