STUDIUM ORGANIZACE CHROMATINU U CHRONICKÉ LYMFOCYTÁRNÍ LEUKEMIE

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14740%2F24%3A00137864" target="_blank" >RIV/00216224:14740/24:00137864 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

<a href="https://www.hematology2024.cz/" target="_blank" >https://www.hematology2024.cz/</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

STUDIUM ORGANIZACE CHROMATINU U CHRONICKÉ LYMFOCYTÁRNÍ LEUKEMIE

Popis výsledku v původním jazyce

Prostorová organizace chromatinu je důležitá pro základní buněčné procesy. Její hierarchickou strukturu tvoří kompartmenty, topologicky asociované domény a smyčky. Narušení organizace chromatinu může vést k deregulaci buněčných pochodů a podporovat nádorové bujení. Naším cílem bylo popsat dopady reorganizace chromatinu u chronické lymfocytární leukemie (CLL). Zaměřili jsme se na pacienty s komplexním karyotypem (CK), který je u CLL asociován s nepříznivým průběhem. Deset primárních vzorků CLL s CK jsme zpracovali metodou Micro-C pro analýzu konformace chromatinu. Pomocí bioinformatických nástrojů jsme vyhodnotili interakce DNA a popsali změny v počtu kopií (CNV) a strukturní varianty (SV). Získané výsledky jsme zhodnotili ve vztahu k výsledkům rutinních i výzkumných cytogenomických a sekvenačních metod. Dále jsme detekovali vznik nových chromatinových struktur, které jsme u vybraných vzorků korelovali se změnami genové exprese stanovené RNA sekvenováním. Ve všech vzorcích jsme popsali specifické strukturní přestavby a jejich dopad na přeuspořádání chromatinu. V porovnání s ostatními metodami se Micro-C jeví jako spolehlivé pro detekci aberací ≥ 50 kb a především translokací. CNV profily získané různými metodami byly analogické. Dále jsme popsali vznik nových domén a smyček v důsledku SV u všech vzorků, které často korelovaly se změnou genové exprese. Nádorový genom podléhá rozsáhlé reorganizaci následkem chromozomových přestaveb a změnám v interakcích chromatinu. Náš výzkum poukazuje na význam studia konformace chromatinu, které poskytuje poznatky o fungování a expresi nádorového genomu a může objasnit příčiny biologických a klinických projevů nemoci.

Název v anglickém jazyce

Study of Chromatin Organization in Chronic Lymphocytic Leukemia

Popis výsledku anglicky

The spatial organization of chromatin is essential for fundamental cellular processes. Its hierarchical structure consists of compartments, topologically associated domains, and loops. Disruption of chromatin organization can lead to deregulation of cellular processes and promote tumor progression. Our aim was to describe the impact of chromatin reorganization in chronic lymphocytic leukemia (CLL), with a focus on patients with a complex karyotype (CK), which is associated with an unfavorable prognosis in CLL. Ten primary CLL samples with CK were analyzed using the Micro-C method to study chromatin conformation. Using bioinformatics tools, we assessed DNA interactions and characterized copy number variations (CNVs) and structural variants (SVs). The obtained results were evaluated in relation to both routine and research-based cytogenomic and sequencing methods. Additionally, we detected the formation of novel chromatin structures, which we correlated in selected samples with changes in gene expression determined by RNA sequencing. In all samples, we identified specific structural rearrangements and their impact on chromatin reorganization. Compared to other methods, Micro-C appears to be a reliable approach for detecting aberrations ≥50 kb, particularly translocations. CNV profiles obtained using different methods were consistent. Furthermore, we observed the formation of new domains and loops as a consequence of SVs in all samples, which frequently correlated with changes in gene expression. The tumor genome undergoes extensive reorganization due to chromosomal rearrangements and alterations in chromatin interactions. Our research highlights the importance of studying chromatin conformation, which provides insights into the function and expression of the tumor genome and may help elucidate the biological and clinical manifestations of the disease. Hledat ChatG

Druh

O - Ostatní výsledky

CEP obor

—

OECD FORD obor

30204 - Oncology

Projekt

Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2024

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů