Využití genetických markerů pro ověření odrůdové identity meruněk

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F25271121%3A_____%2F20%3AN0000038" target="_blank" >RIV/25271121:_____/20:N0000038 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

Využití genetických markerů pro ověření odrůdové identity meruněk

Popis výsledku v původním jazyce

Meruňka obecná (Prunus armeniaca L.) patří mezi jeden z nejoblíbenějších ovocných druhů. Ve světě tudíž existují stovky odrůd, každý rok jsou registrovány nově vyšlechtěné odrůdy a navíc jsou množeny a distribuovány desítky tisíc kusů stromů, jejichž pravost je třeba ověřovat. Klasický způsob ověření pravosti odrůdy založený na několikaletém fenologickém hodnocení může být značně zjednodušen a urychlen využitím molekulárních metod. V současné době jsou nejpoužívanějšími markery pro genotypizaci tzv. SSR markery, fungující na principu délkové odlišnosti těchto sekvencí mezi jednotlivými odrůdami. Jelikož neexistuje standardizovaná identifikační sada genetických markerů, zaměřili jsme se v naší práci na vývoj sady SSR markerů pro spolehlivou identifikaci existujících odrůd meruněk. Pro první kolo selekce bylo z literatury vybráno 48 SSR markerů, jejichž rozlišovací schopnost byla testována fragmentační analýzou na kapilárním genetickém analyzátoru na 24 odrůdách. Na základě počtu alel, frekvence jejich výskytu, očekávané heterozygocity, pozorované heterozygocity a dalších parametrů, bylo pro druhé kolo analýz vybráno 24 SSR markerů. Fragmentační analýzy byly tentokrát provedeny na celkem 53 odrůdách meruněk. Na základě výše uvedených parametrů bylo vybráno 16 nejheterogennějších SSR markerů rovnoměrně zastoupených na všech chromozómech. Pravděpodobnost identity mezi dvěma nepříbuznými jedinci byla pouze 6,45 x 10-20, rozlišovací schopnost vybrané sady SSR markerů je tedy velmi dobrá. Vybraná sada SSR markerů je tak vhodná pro rutinní a velmi rychlou identifikaci odrůd meruňky obecné.

Název v anglickém jazyce

Application of genetic markers for identity verification of apricots

Popis výsledku anglicky

Apricot (Prunus armeniaca L.) is one of the most popular fruit species. Thus hundreds of cultivars exist worldwide. Each year new bred cultivars are registered and tens of thousands of trees are propagated and distributed. The classical method of cultivar control based on several years of phenological evaluation can be well simplified using molecular methods. Currently, the most used markers for genotyping are so called SSR markers, operating on principle related to the length differences of these sequences between cultivars. Since no standardized identification set of genetic markers is available, we focused our work on the development of SSR markers sets enabling reliable identification of existing apricot varieties. In the first round of SSR marker selection, we selected 48 markers and tested their efficacy on 24 cultivars by fragment analysis on capillary genetic analyzer. Based on the number of alleles, the frequency of their occurrence, the expected heterozygosity, the observed heterozygosity and others, 24 SSR markers were selected for the second round of analyses. Fragment analyses were performed on 53 apricot cultivars in this case. Based on the above parameters, the 16 most heterogeneous SSR markers evenly distributed throughout all chromosomes were selected. The probability of identity between two unrelated individuals is only 6.45 x 10-20, so the resolution of the selected set of SSR markers is very good. The selected set of SSR markers is thus suitable for routine and very fast identification of apricot cultivars.

Druh

J_ost - Ostatní články v recenzovaných periodicích

CEP obor

—

OECD FORD obor

40106 - Agronomy, plant breeding and plant protection; (Agricultural biotechnology to be 4.4)

Projekt

Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2020

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Úroda

ISSN

0139-6013

e-ISSN

—

Svazek periodika

—

Číslo periodika v rámci svazku

12

Stát vydavatele periodika

CZ - Česká republika

Počet stran výsledku

8

Strana od-do

85-92

Kód UT WoS článku

—

EID výsledku v databázi Scopus

—