Real-time PCR detekce virů Rubus yellow net virus (RYNV), raspberry rubodvirus 1 (RaRV1) a raspberry enamovirus 1 (RaEV1) v rostlinném materiálu

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F25271121%3A_____%2F24%3AN0000043" target="_blank" >RIV/25271121:_____/24:N0000043 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

<a href="https://www.vsuo.cz/cs/vzdelani-a-poradenstvi/knihovna/metodiky-odborne-publikace-a-sw/real-time-pcr-detekce-viru-rubus-yellow-net-virus-rynv-raspberry-rubodvirus-1-rarv1-a-raspberry-enamovirus-1-raev1-v-rostlinnem-materialu" target="_blank" >https://www.vsuo.cz/cs/vzdelani-a-poradenstvi/knihovna/metodiky-odborne-publikace-a-sw/real-time-pcr-detekce-viru-rubus-yellow-net-virus-rynv-raspberry-rubodvirus-1-rarv1-a-raspberry-enamovirus-1-raev1-v-rostlinnem-materialu</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

Real-time PCR detekce virů Rubus yellow net virus (RYNV), raspberry rubodvirus 1 (RaRV1) a raspberry enamovirus 1 (RaEV1) v rostlinném materiálu

Popis výsledku v původním jazyce

Certifikovaná metodika si dává za cíl zavést nové detekční systémy založené na real-time PCR pro rutinní diagnostiku Rubus yellow net virus (RYNV), raspberry rubodvirus 1 (RaRV1) a raspberry enamovirus 1 (RaEV1). RYNV je detekován v duplexním uspořádání spolu s interní pozitivní kontrolou (IPC) a RaRV1 a RaEV1 v triplexu spolu s IPC. Toto upořádání umožňuje uživateli vybrat si cílovou skupinu virů s ohledem na zamýšlený účel. Oba systémy jsou součástí diagnostické soupravy „RubusVir II qPCR-RG detekční kit – souprava pro real-time PCR detekci virů RaEV1, RaRV1 a RYNV v rostlinném materiálu“ a doplňují již publikovanou metodiku detekce virů BRNV, RpRSV, RBDV a SLRSV metodou real-time PCR (Valentová et al. 2022). Navržené detekční systémy byly příkladně validovány pro použití s cyklerem Rotor-Gene Q (Qiagen) dle validačního schématu obsaženého v EPPO PM 7/98 (5) Specific requirements for laboratories preparing accreditation for a plant pest diagnostic activity a po verifikaci je bude možné použít i na pracovištích, které disponují jiným vybavením. Součástí metodiky je i porovnání různých postupů pro přípravu cDNA (různé reverzní transkriptázy), různých PCR reagencií a jednokrokové a dvoukrokové analýzy, aby se uživatel seznámil s výhodami a nevýhodami jednotlivých postupů. Předkládaná metodika tedy rozšiřuje spektrum virů, které je u maliníku možné detekovat metodou real-time PCR a nalezne uplatnění nejen při certifikaci rozmnožovacího materiálu, ale i v základním virologickém výzkumu.

Název v anglickém jazyce

A real-time PCR detection of Rubus yellow net virus (RYNV), raspberry rubodvirus 1 (RaRV1), and raspberry enamovirus 1 (RaEV1) in plant material

Popis výsledku anglicky

The certified methodology aims to introduce new detection systems based on real-time PCR for the routine diagnosis of Rubus yellow net virus (RYNV), raspberry rubodvirus 1 (RaRV1) and raspberry enamovirus 1 (RaEV1). RYNV is detected in a duplex arrangement together with an internal positive control (IPC) and RaRV1 and RaEV1 in a triplex arrangement together with an IPC. This arrangement allows the user to select the target viruses with respect to the intended purpose. Both systems are part of the diagnostic kit "RubusVir II qPCR-RG detection kit - real-time PCR kit for detection of RaEV1, RaRV1 and RYNV in plant material" and complement the already published methodology for detection of BRNV, RpRSV, RBDV and SLRSV by real-time PCR (Valentová et al. 2022). The proposed detection systems have been validated by example for use with the Rotor-Gene Q cycler (Qiagen) according to the validation scheme contained in EPPO PM 7/98 (5) Specific requirements for laboratories preparing accreditation for a plant pest diagnostic activity and, once verified, can also be used at sites with other equipment. The methodology includes a comparison of the different cDNA preparation procedures (different reverse transcriptases), different PCR reagents and one-step and two-step analysis to give the user an overview of the advantages and disadvantages of each procedure. The present methodology thus extends the spectrum of viruses that can be detected in raspberry by real-time PCR and will find application not only in the certification of propagation material but also in basic virological research.

Druh

N_metC - Metodiky certifikované oprávněným orgánem

CEP obor

—

OECD FORD obor

10608 - Biochemistry and molecular biology

Projekt

<a href="/cs/project/TO01000295" target="_blank" >TO01000295: Zdravé ovoce v měnících se klimatických podmínkách: vývoj nových biotechnologických postupů diagnostiky virů, studium vektorů, ozdravování a bezpečného uchovávání jahodníku a maliníku</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2024

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Interní identifikační kód produktu

978-80-87030-98-1

Číslo předpisu

UKZUZ 062144/2024

Technické parametry

Osvědčení pod č. UKZUZ 062144/2024 o uznání uplatněné certifikované metodiky vydal Ústřední kontrolní a zkušební ústav zemědělský, Brno. Smlouva o využití výsledku uživatelem byla uzavřena s ÚKZÚZ.

Ekonomické parametry

Ekonomickou stránku předkládané metodiky lze hodnotit z několika pohledů. Protože je detekční systém pro viry RaEV1 a RaRV1 navržen v multiplexním uspořádání, dojde tak k úspoře financí, které by byly vynaloženy na přípravu dvou PCR. Dalším přínosem je skutečnost, že včasnou detekcí případných pozitivních rostlin bude zabráněno šíření virů množitelským materiálem v pěstebních plochách a tím i budoucím ztrátám na výnosu v dalších letech. Rychlejší odezva laboratoře bude mít též pozitivní dopad na ekonomiku žadatele o vyšetření zdravotního stavu ovocných plodin, neboť může získat výsledky v kratším čase, a tak na ně pružněji reagovat.

Označení certifikačního orgánu

Ústřední kontrolní a zkušební ústav zemědelský, Hroznová 2, 656 06, Brno

Datum certifikace

—

Způsoby využití výsledku

C - Výsledek je využíván bez omezení okruhu uživatelů