Vše

Co hledáte?

Vše
Projekty
Výsledky výzkumu
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”

Rapid sourdough yeast identification using panfungal PCR combined with high resolution melting analysis

Identifikátory výsledku

  • Kód výsledku v IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F26722861%3A_____%2F22%3AN0000025" target="_blank" >RIV/26722861:_____/22:N0000025 - isvavai.cz</a>

  • Výsledek na webu

    <a href="https://doi.org/10.1016/j.mimet.2022.106522" target="_blank" >https://doi.org/10.1016/j.mimet.2022.106522</a>

  • DOI - Digital Object Identifier

    <a href="http://dx.doi.org/10.1016/j.mimet.2022.106522" target="_blank" >10.1016/j.mimet.2022.106522</a>

Alternativní jazyky

  • Jazyk výsledku

    angličtina

  • Název v původním jazyce

    Rapid sourdough yeast identification using panfungal PCR combined with high resolution melting analysis

  • Popis výsledku v původním jazyce

    The microbial composition of the sourdough starter affects the sourdough bread properties. Therefore, it is crucial to find a tool for rapid, time-saving, and economical identification of the sourdough microbiota. We focused on the rapid identification of sourdough yeasts. We designed a panfungal real time-PCR targeting the ITS2 region (ITS-amplicon) and a fragment of D1/D2 region of 26S rRNA gene (U-amplicon) and used high resolution melting analysis (HRM) for subsequent species identification. The sensitivity and specificity of our method were tested on the reference yeast cultures. We obtained divergent melting peaks (Tm). The further analysis of melt curves suggests the possibility to discriminate yeasts on the genus- and some on species-specific level in the mixed sample. The applicability of this method in routine practice was evaluated on nine sourdough samples. Revealed melt curves of U-amplicons were predominantly characteristic of the sourdough. The evaluation of the Tm and the shape of the melt curve was used to assess the sourdough yeasts. Additionally, using the HRM-PCR method the contamination with the ergot fungus DNA was revealed. Our data showed HRM-PCR is a simple, rapid, and inexpensive tool useful in identifying sourdough yeasts

  • Název v anglickém jazyce

    Rapid sourdough yeast identification using panfungal PCR combined with high resolution melting analysis

  • Popis výsledku anglicky

    The microbial composition of the sourdough starter affects the sourdough bread properties. Therefore, it is crucial to find a tool for rapid, time-saving, and economical identification of the sourdough microbiota. We focused on the rapid identification of sourdough yeasts. We designed a panfungal real time-PCR targeting the ITS2 region (ITS-amplicon) and a fragment of D1/D2 region of 26S rRNA gene (U-amplicon) and used high resolution melting analysis (HRM) for subsequent species identification. The sensitivity and specificity of our method were tested on the reference yeast cultures. We obtained divergent melting peaks (Tm). The further analysis of melt curves suggests the possibility to discriminate yeasts on the genus- and some on species-specific level in the mixed sample. The applicability of this method in routine practice was evaluated on nine sourdough samples. Revealed melt curves of U-amplicons were predominantly characteristic of the sourdough. The evaluation of the Tm and the shape of the melt curve was used to assess the sourdough yeasts. Additionally, using the HRM-PCR method the contamination with the ergot fungus DNA was revealed. Our data showed HRM-PCR is a simple, rapid, and inexpensive tool useful in identifying sourdough yeasts

Klasifikace

  • Druh

    J<sub>imp</sub> - Článek v periodiku v databázi Web of Science

  • CEP obor

  • OECD FORD obor

    40401 - Agricultural biotechnology and food biotechnology

Návaznosti výsledku

  • Projekt

    Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

  • Návaznosti

    P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Ostatní

  • Rok uplatnění

    2022

  • Kód důvěrnosti údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Údaje specifické pro druh výsledku

  • Název periodika

    Journal of Microbiological Methods

  • ISSN

    0167-7012

  • e-ISSN

  • Svazek periodika

    199

  • Číslo periodika v rámci svazku

    August

  • Stát vydavatele periodika

    NL - Nizozemsko

  • Počet stran výsledku

    11

  • Strana od-do

    106522

  • Kód UT WoS článku

    000817812000007

  • EID výsledku v databázi Scopus

    2-s2.0-85132528872