Sestavení de novo transkriptomu máku setého za využití veřejně dostupných RNA-seq dat

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F60076658%3A12220%2F18%3A43897600" target="_blank" >RIV/60076658:12220/18:43897600 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

Sestavení de novo transkriptomu máku setého za využití veřejně dostupných RNA-seq dat

Popis výsledku v původním jazyce

Velmi rychlý nebo nebývalý rozvoj ve vývoji high throughput RNA sekvenování umožnil rychlou a finančně výhodnou metodu k zisku velkého množství sekvenačních dat. Tato data mohou být použita pro charakterizaci transkriptomu u jakéhokoliv organismu, u něhož není známa genomová sekvence. V této studii jsme se za použití veřejně dostupných dat z databáze NCBI pokusili o sestavení de novo transkriptomu máku setého (Papaver somniferum), u kterého dosud není známa jeho genomová sekvence. Za použití čtyř souborů RNA-seq dat o celkové délce přibližně 138G bází jsme sestavili 68635 potenciálních genů a 122548 transkriptů máku setého. Následně jsme sestavený transkriptom validovali.

Název v anglickém jazyce

Mining of publicly available RNA-seq data of opium poppy for de novo transcriptome assembly

Popis výsledku anglicky

The enormous development in high throughput sequencing of RNA allows a quick and cost-effective method to gain a large amount of sequence data. These data may be used to characterize transcriptome in any organism in which the genomic sequence is not known. In this study, using the publicly available data from the NCBI database and attempted to build a de novo transcriptome of opium poppy (Papaver somniferum), which is not yet known. Using four sets of Seq RNA runs with a total length of approximately 100 M bases, we assembled 68,635 potential genes and 122548 transcripts.

Druh

J_ost - Ostatní články v recenzovaných periodicích

CEP obor

—

OECD FORD obor

40106 - Agronomy, plant breeding and plant protection; (Agricultural biotechnology to be 4.4)

Projekt

<a href="/cs/project/QK1810391" target="_blank" >QK1810391: Využití technik genomiky a transkriptomiky k tvorbě genových zdrojů a výchozích materiálů máku se specifickými vlastnostmi</a><br>

Návaznosti

S - Specificky vyzkum na vysokych skolach

Rok uplatnění

2018

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Úroda

ISSN

0139-6013

e-ISSN

—

Svazek periodika

12

Číslo periodika v rámci svazku

LXVI

Stát vydavatele periodika

CZ - Česká republika

Počet stran výsledku

4

Strana od-do

135-138

Kód UT WoS článku

—

EID výsledku v databázi Scopus

—