Transcriptome of barley under three different heavy metal stress reaction

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F68081707%3A_____%2F17%3A00507078" target="_blank" >RIV/68081707:_____/17:00507078 - isvavai.cz</a>

Nalezeny alternativní kódy

RIV/61389030:_____/17:00482959

Výsledek na webu

<a href="https://doi.org/10.1016/j.gdata.2017.05.016" target="_blank" >https://doi.org/10.1016/j.gdata.2017.05.016</a>

DOI - Digital Object Identifier

<a href="http://dx.doi.org/10.1016/j.gdata.2017.05.016" target="_blank" >10.1016/j.gdata.2017.05.016</a>

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Transcriptome of barley under three different heavy metal stress reaction

Popis výsledku v původním jazyce

In the present study, we used Illumina sequencing technology (HiSeq 2000) to sequence the transcriptome of barley (Hordeum vulgare L., cv. Morex) under three different heavy metal stress conditions: copper, zinc and cadmium. For each of those metals, the concentration causing a 50% inhibitory effect for root growth (EC50) was determined. We sequenced the total RNA of both roots and shoots from barley with and without heavy metal treatments in three replicates. Raw reads of the transcriptome project have been deposited in NCBI's BioProject accession number PRJNA382490. The obtained transcriptomic data will be useful for further studies focusing on heavy metal tolerance and comparative transcriptome analysis in barley.

Název v anglickém jazyce

Transcriptome of barley under three different heavy metal stress reaction

Popis výsledku anglicky

In the present study, we used Illumina sequencing technology (HiSeq 2000) to sequence the transcriptome of barley (Hordeum vulgare L., cv. Morex) under three different heavy metal stress conditions: copper, zinc and cadmium. For each of those metals, the concentration causing a 50% inhibitory effect for root growth (EC50) was determined. We sequenced the total RNA of both roots and shoots from barley with and without heavy metal treatments in three replicates. Raw reads of the transcriptome project have been deposited in NCBI's BioProject accession number PRJNA382490. The obtained transcriptomic data will be useful for further studies focusing on heavy metal tolerance and comparative transcriptome analysis in barley.

Druh

J_imp - Článek v periodiku v databázi Web of Science

CEP obor

—

OECD FORD obor

10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)

Projekt

<a href="/cs/project/GBP501%2F12%2FG090" target="_blank" >GBP501/12/G090: Evoluce a funkce komplexních genomů rostlin</a><br>

Návaznosti

I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Rok uplatnění

2017

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

GENOMICS DATA

ISSN

2213-5960

e-ISSN

—

Svazek periodika

13

Číslo periodika v rámci svazku

SEP 2017

Stát vydavatele periodika

NL - Nizozemsko

Počet stran výsledku

3

Strana od-do

15-17

Kód UT WoS článku

000415937000006

EID výsledku v databázi Scopus

2-s2.0-85020182457