SeqGrapheR Tool for visualization and analysi of clusters of repetitive sequences from next generation sequencing data
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F60077344%3A_____%2F10%3A00347472" target="_blank" >RIV/60077344:_____/10:00347472 - isvavai.cz</a>
Výsledek na webu
—
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
SeqGrapheR Tool for visualization and analysi of clusters of repetitive sequences from next generation sequencing data
Popis výsledku v původním jazyce
R package that provides a simple graphical user interface for interactive visualization of sequence clusters using the GGObi program and the R package rggobi [18,19]. SeqGrapheR also enables the selection of groups of reads from a graph and simultaneousviewing of the graph layout, sequence assembly results and similarity searches. SeqGrapheR tool is used for elucidation of the variability of repetitive elements and for reconstruction repetitive element consensus sequences.
Název v anglickém jazyce
SeqGrapheR Tool for visualization and analysi of clusters of repetitive sequences from next generation sequencing data
Popis výsledku anglicky
R package that provides a simple graphical user interface for interactive visualization of sequence clusters using the GGObi program and the R package rggobi [18,19]. SeqGrapheR also enables the selection of groups of reads from a graph and simultaneousviewing of the graph layout, sequence assembly results and similarity searches. SeqGrapheR tool is used for elucidation of the variability of repetitive elements and for reconstruction repetitive element consensus sequences.
Klasifikace
Druh
R - Software
CEP obor
EB - Genetika a molekulární biologie
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.
Návaznosti
Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)
Ostatní
Rok uplatnění
2010
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Interní identifikační kód produktu
SeqGrapheR ev.č UMBR-2010/1
Technické parametry
Software implementovany jako R knihovna (www.r-project.org)
Ekonomické parametry
Zvýšení efektivity při zpracovávání sekvenačních dat
IČO vlastníka výsledku
60077344
Název vlastníka
Biologicke Centrum AV ČR, v.v