Návrh a testování specifických primerů pro detekci karanténní bakterie Xanthomonas vesicatoria
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F60077344%3A_____%2F11%3A00370246" target="_blank" >RIV/60077344:_____/11:00370246 - isvavai.cz</a>
Nalezeny alternativní kódy
RIV/60076658:12220/11:43882094
Výsledek na webu
—
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
čeština
Název v původním jazyce
Návrh a testování specifických primerů pro detekci karanténní bakterie Xanthomonas vesicatoria
Popis výsledku v původním jazyce
V této studii popisujeme vývoj metody PCR pro detekci karanténní bakterie Xanthomonas vesicatoria, která je patogenní pro rajče a papriku. Pár primerů XV1F a XV1R byl navržen na základě DNA sekvence genu atpD (získané ze sbírkového kmenu Xv CCM 2102) tak, aby byl specifický pouze pro detekci Xanthomonas vesicatoria. Tyto námi navržené primery poskytovaly (výsledný) amplifikační produkt o velikosti 356 bp a rovněž vykazovaly vysokou specifičnost. Při testování primerů na specifičnost soubor testovaných bakterií zahrnoval mnoho bakterií patogenních pro rajče a papriku (včetně rodu Xanthomonas) a některé další bakterie. K pozitivní PCR reakci však docházelo pouze tehdy, byla.-li použita templátová DNA vyizolovaná z Xanthomonas vesicatoria. Dodržením protokolu popsaném v tomto článku lze rychle a spolehlivě identifikovat bakterii Xanthomonas vesicatoria. Dle dostupných informací se jedná o první dvojici primerů, detekující specificky pouze bakteriální druh Xanthomonas vesicatoria.
Název v anglickém jazyce
Design and testing of primers specific for detection of quarantine bacterium Xanthomonas vesicatoria
Popis výsledku anglicky
In this study we present development of PCR method for detection of Xanthomonas vesicatoria, the bacteria pathogenic for tomato and pepper. Primer pair XV1F and XV1R was designed based on DNA sequence of atpD gene (obtained from Xv CCM 2102 collection strain) in order to be specific for detection of Xanthomonas vesicatoria. PCR product of 326 bp was observed only if DNA isolated from Xanthomonas vesicatoria was used as a template. Collection of bacteria tested contained a lot of bacteria pathogenic fortomato and pepper (including Xanthomonas genus) and some other bacteria. Following the protocol described in this article Xanthomonas vesicatoria can be identified rapidly and reliably. To date, there is no report of such primers for specific detection of Xanthomonas vesicatoria.
Klasifikace
Druh
J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP obor
GF - Choroby, škůdci, plevely a ochrana rostlin
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
<a href="/cs/project/QH71229" target="_blank" >QH71229: Diagnostika a metody integrované ochrany proti karanténním a dalším ekonomicky významným patogenům plodové a listové zeleniny</a><br>
Návaznosti
Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)
Ostatní
Rok uplatnění
2011
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
Úroda
ISSN
0139-6013
e-ISSN
—
Svazek periodika
12
Číslo periodika v rámci svazku
—
Stát vydavatele periodika
CZ - Česká republika
Počet stran výsledku
4
Strana od-do
205-208
Kód UT WoS článku
—
EID výsledku v databázi Scopus
—