Možnosti využití MALDI-TOF MS v potravinářské mikrobiologii

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F60461373%3A22330%2F19%3A43919655" target="_blank" >RIV/60461373:22330/19:43919655 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

Možnosti využití MALDI-TOF MS v potravinářské mikrobiologii

Popis výsledku v původním jazyce

Hmotnostní spektrometrie MALDI-TOF má velmi významné místo v mikrobiologické praxi jako rychlá a spolehlivá metody pro fenotypovou identifikaci mikroorganismů. Tato identifikace vychází z analýzy proteinových profilů mikroorganismů (pro identifikaci se využívají hlavně proteiny o velikosti 2-20 kDa), který je složen převážně z ribozomálních proteinů a dalších konzervovaných proteinů základních metabolických drah. Tento profil je obecně rodově a druhově specifický; pro některé druhové skupiny mikroorganismů, geneticky příliš blízké, však může být tato specifita nedostačující pro spolehlivou identifikaci. Zároveň však lze v některých případech nalézt markery specifické i pro další taxonomické skupiny (soubory kmenů s určitou fenotypovou vlastností či jednotlivé kmeny). Cílem této práce byla analýza jednotlivých faktorů ovlivňujících použití MALDI-TOF MS pro identifikaci a charakterizaci mikroorganismů izolovaných z potravin a pro průkaz a stanovení počtu cílových mikroorganismů v potravinách. Identifikace více než 1000 izolátů mikroorganismů z potravin metodou MALDI-TOF MS (systém Biotyper, Bruker Daltonics) umožnila stanovit rozsah aplikovatelnosti použitých metod (způsob přípravy vzorku, použité metody vyhodnocení), jejich spolehlivost (i při srovnání s dalšími identifikačními metodami) a možné problematické aspekty pro jednotlivé skupiny mikroorganismů, významné v potravinářské mikrobiologii. Pro zvýšení spolehlivosti identifikace izolátů druhové skupiny Enterobacter cloacae komplex a jejich typizaci byly navrženy a ověřeny metody založené na tvorbě modelů na základě shlukové analýzy a analýze hlavních komponent (ClinPro Tools, Bruker Daltonics). Tyto metody byly poté využity i pro návrh a ověření postupů pro využití MALDI-TOF MS ke zrychlení průkazu a/nebo stanovení počtu Salmonella spp., Escherichia coli a Staphylococcus aureus ve vybraných potravinách (kuřecí maso, mléko).

Název v anglickém jazyce

Applications of MALDI-TOF MS in food microbiology

Popis výsledku anglicky

MALDI-TOF mass spectrometry has a very important place in microbiological practice as a fast and reliable method for phenotypic identification of microorganisms. This identification is based on the analysis of protein profiles of microorganisms (mainly 2-20 kDa proteins are used for identification), which consists mainly of ribosomal proteins and other conserved proteins of the basic metabolic pathways. This profile is generally gender and species specific; however, for some species groups of microorganisms that are genetically too close, this specificity may be insufficient for reliable identification. At the same time, however, in some cases, markers specific for other taxonomic groups (sets of strains with a certain phenotypic property or individual strains) can be found. The aim of this work was to analyze individual factors influencing the use of MALDI-TOF MS for the identification and characterization of microorganisms isolated from food and for the detection and determination of the number of target microorganisms in food. Identification of more than 1000 isolates of microorganisms from food by MALDI-TOF MS method (Biotyper system, Bruker Daltonics) allowed to determine the scope of applied methods (sample preparation method, evaluation methods used), their reliability (even when compared with other identification methods) and possible problematic aspects for particular groups of microorganisms, significant in food microbiology. To increase the reliability of typing and typing isolates of the Enterobacter cloacae complex, model-based methods have been designed and tested based on cluster analysis and principal component analysis (ClinPro Tools, Bruker Daltonics). These methods were then used to design and validate procedures for using MALDI-TOF MS to accelerate detection and / or enumeration of Salmonella spp., Escherichia coli and Staphylococcus aureus in selected foods (chicken, milk).

Druh

O - Ostatní výsledky

CEP obor

—

OECD FORD obor

10606 - Microbiology

Projekt

<a href="/cs/project/QJ1210300" target="_blank" >QJ1210300: Systémy jištění kvality a bezpečnosti mlékárenských výrobků vhodnými metodami aplikovatelnými v praxi</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2019

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů