Vše

Co hledáte?

Vše
Projekty
Výsledky výzkumu
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”

Identification and Validation of Reference Genes in Clostridium beijerinckii NRRL B-598 for RT-qPCR Using RNA-Seq Data

Identifikátory výsledku

  • Kód výsledku v IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F60461373%3A22330%2F21%3A43922713" target="_blank" >RIV/60461373:22330/21:43922713 - isvavai.cz</a>

  • Nalezeny alternativní kódy

    RIV/00216305:26220/21:PU139787

  • Výsledek na webu

    <a href="https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmicb.2021.640054/full" target="_blank" >https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmicb.2021.640054/full</a>

  • DOI - Digital Object Identifier

    <a href="http://dx.doi.org/10.3389/fmicb.2021.640054" target="_blank" >10.3389/fmicb.2021.640054</a>

Alternativní jazyky

  • Jazyk výsledku

    angličtina

  • Název v původním jazyce

    Identification and Validation of Reference Genes in Clostridium beijerinckii NRRL B-598 for RT-qPCR Using RNA-Seq Data

  • Popis výsledku v původním jazyce

    Gene expression analysis through reverse transcription-quantitative real-time polymerase chain reaction (RT-qPCR) depends on correct data normalization by reference genes with stable expression. Although Clostridium beijerinckii NRRL B-598 is a promising Gram-positive bacterium for the industrial production of biobutanol, validated reference genes have not yet been reported. In this study, we selected 160 genes with stable expression based on an RNA sequencing (RNA-Seq) data analysis, and among them, seven genes (zmp, rpoB1, rsmB, greA, rpoB2, topB2, and rimO) were selected for experimental validation by RT-qPCR and gene ontology (GO) enrichment analysis. According to statistical analyses, zmp and greA were the most stable and suitable reference genes for RT-qPCR normalization. Furthermore, our methodology can be useful for selection of the reference genes in other strains of C. beijerinckii and it also suggests that the RNA-Seq data can be used for the initial selection of novel reference genes, however, their validation is required. © Copyright © 2021 Jureckova, Raschmanova, Kolek, Vasylkivska, Branska, Patakova, Provaznik and Sedlar.

  • Název v anglickém jazyce

    Identification and Validation of Reference Genes in Clostridium beijerinckii NRRL B-598 for RT-qPCR Using RNA-Seq Data

  • Popis výsledku anglicky

    Gene expression analysis through reverse transcription-quantitative real-time polymerase chain reaction (RT-qPCR) depends on correct data normalization by reference genes with stable expression. Although Clostridium beijerinckii NRRL B-598 is a promising Gram-positive bacterium for the industrial production of biobutanol, validated reference genes have not yet been reported. In this study, we selected 160 genes with stable expression based on an RNA sequencing (RNA-Seq) data analysis, and among them, seven genes (zmp, rpoB1, rsmB, greA, rpoB2, topB2, and rimO) were selected for experimental validation by RT-qPCR and gene ontology (GO) enrichment analysis. According to statistical analyses, zmp and greA were the most stable and suitable reference genes for RT-qPCR normalization. Furthermore, our methodology can be useful for selection of the reference genes in other strains of C. beijerinckii and it also suggests that the RNA-Seq data can be used for the initial selection of novel reference genes, however, their validation is required. © Copyright © 2021 Jureckova, Raschmanova, Kolek, Vasylkivska, Branska, Patakova, Provaznik and Sedlar.

Klasifikace

  • Druh

    J<sub>imp</sub> - Článek v periodiku v databázi Web of Science

  • CEP obor

  • OECD FORD obor

    20901 - Industrial biotechnology

Návaznosti výsledku

  • Projekt

    <a href="/cs/project/GA17-00551S" target="_blank" >GA17-00551S: Vztah mezi efluxem butanolu a tolerancí k butanolu u klostridií</a><br>

  • Návaznosti

    P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Ostatní

  • Rok uplatnění

    2021

  • Kód důvěrnosti údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Údaje specifické pro druh výsledku

  • Název periodika

    Frontiers in Microbiology

  • ISSN

    1664-302X

  • e-ISSN

  • Svazek periodika

    12

  • Číslo periodika v rámci svazku

    MAR 18 2021

  • Stát vydavatele periodika

    CH - Švýcarská konfederace

  • Počet stran výsledku

    10

  • Strana od-do

  • Kód UT WoS článku

    000635376200001

  • EID výsledku v databázi Scopus

    2-s2.0-85103503423