Minimal reaction network for bistability in the MAPK signalling cascade.

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F60461373%3A22340%2F12%3A43893663" target="_blank" >RIV/60461373:22340/12:43893663 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Minimal reaction network for bistability in the MAPK signalling cascade.

Popis výsledku v původním jazyce

We used the stoichiometric networks analysis (SNA) to decompose a system involving activation of MAPKKK and first of the two double-phosphorylation cascades (which we call single-phosphorylation cascade model) into irreducible or elementary subnetworks (ESs). Then we identified those ESs that are potentially sources of nontrivial dynamical instabilities leading to bistability or oscillations. By using the classification system for chemical oscillators we further simplified the topology of the MAPK reaction network into the smallest network which still preserves bistability but does not allow for oscillations. This network can be examined analytically using both convex parametrization employed by the SNA and classical kinetic parameters (i.e., rate coefficients) to determine multiple steady states and their stability. Next we analyze the single-phosphorylation cascade model by using numerical continuation and determine what is the role of various subnetworks in forming the bistability.

Název v anglickém jazyce

Minimal reaction network for bistability in the MAPK signalling cascade.

Popis výsledku anglicky

We used the stoichiometric networks analysis (SNA) to decompose a system involving activation of MAPKKK and first of the two double-phosphorylation cascades (which we call single-phosphorylation cascade model) into irreducible or elementary subnetworks (ESs). Then we identified those ESs that are potentially sources of nontrivial dynamical instabilities leading to bistability or oscillations. By using the classification system for chemical oscillators we further simplified the topology of the MAPK reaction network into the smallest network which still preserves bistability but does not allow for oscillations. This network can be examined analytically using both convex parametrization employed by the SNA and classical kinetic parameters (i.e., rate coefficients) to determine multiple steady states and their stability. Next we analyze the single-phosphorylation cascade model by using numerical continuation and determine what is the role of various subnetworks in forming the bistability.

Druh

D - Stať ve sborníku

CEP obor

CI - Průmyslová chemie a chemické inženýrství

OECD FORD obor

—

Projekt

<a href="/cs/project/ME10036" target="_blank" >ME10036: Vliv konvektivního toku na šíření chemického signálu v živých tkáních</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2012

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název statě ve sborníku

2012 AIChE Annual Meeting

ISBN

978-0-8169-1073-1

ISSN

—

e-ISSN

—

Počet stran výsledku

7

Strana od-do

1-7

Název nakladatele

American Institute of Chemical Engineers by Omnipress

Místo vydání

New York

Místo konání akce

Pittsburgh

Datum konání akce

28. 10. 2012

Typ akce podle státní příslušnosti

WRD - Celosvětová akce

Kód UT WoS článku

—