New Parameterization of the Cornell et al Empirical Force Field Covering Amino Group Nonplanarity in Nucleic Acid Bases.

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61388955%3A_____%2F03%3A54030196" target="_blank" >RIV/61388955:_____/03:54030196 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

New Parameterization of the Cornell et al Empirical Force Field Covering Amino Group Nonplanarity in Nucleic Acid Bases.

Popis výsledku v původním jazyce

The Cornell et al empirical potential (Cornell et al, J Am Chem Soc 1995, 117, 5197) was modified by the introduction of nonplanarity of the amino group in guanine, adenine and cytosine. Reparameterization was performed for 10 bond parameters of the amino group (three valence angles (C-N-H1, C-N-H2 and H1-N-H2) and the improper dihedral angle at nitrogen, two dihedral angles (X-C-N-H1, Y-C-N-H2), three valence angles (X-C-N, Y-C-N, X-C-Y) and the improper dihedral angle at the adjacent carbon) and was based on correlated ab initio potential energy surfaces. Calculations were performed using the resolution of indentity MP2 (RIMP2) method with SVP (3s2p1d/2s1p), TZVP (5s3p1d/3s1p), TZVPP.

Název v anglickém jazyce

New Parameterization of the Cornell et al Empirical Force Field Covering Amino Group Nonplanarity in Nucleic Acid Bases.

Popis výsledku anglicky

The Cornell et al empirical potential (Cornell et al, J Am Chem Soc 1995, 117, 5197) was modified by the introduction of nonplanarity of the amino group in guanine, adenine and cytosine. Reparameterization was performed for 10 bond parameters of the amino group (three valence angles (C-N-H1, C-N-H2 and H1-N-H2) and the improper dihedral angle at nitrogen, two dihedral angles (X-C-N-H1, Y-C-N-H2), three valence angles (X-C-N, Y-C-N, X-C-Y) and the improper dihedral angle at the adjacent carbon) and was based on correlated ab initio potential energy surfaces. Calculations were performed using the resolution of indentity MP2 (RIMP2) method with SVP (3s2p1d/2s1p), TZVP (5s3p1d/3s1p), TZVPP.

Druh

J_x - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

CEP obor

CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie

OECD FORD obor

—

Projekt

<a href="/cs/project/LN00A032" target="_blank" >LN00A032: Struktura a dynamika komplexních molekulových systémů a biomolekul</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Rok uplatnění

2003

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Journal of Computational Chemistry

ISSN

0192-8651

e-ISSN

—

Svazek periodika

24

Číslo periodika v rámci svazku

N/A

Stát vydavatele periodika

US - Spojené státy americké

Počet stran výsledku

11

Strana od-do

1891-1901

Kód UT WoS článku

—

EID výsledku v databázi Scopus

—