Mimořádná termodynamická stabilita DNA duplexů modifikovaných nepolárními analogy je způsobena zvýšeným stackingem a příznivou solvatací: korelované ab initio výpočty a molekulová dynamika
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61388963%3A_____%2F06%3A00040282" target="_blank" >RIV/61388963:_____/06:00040282 - isvavai.cz</a>
Výsledek na webu
—
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Exceptional Thermodynamic Stability of DNA Duplexes Modified by Nonpolar Base Analogues Is due to Increased Stacking Interactions and Favorable Solvation: Correlated Ab Initio Calculations and Molecular Dynamics Simulations
Popis výsledku v původním jazyce
The geometries of DNA hexamer (5?-GGAACC-3?) and DNA 13-mer (5?-GCGTACACATGCG-3?) have been determined by molecular dynamics (MD) simulations using an empirical force field. The central canonical base pair was replaced by a pair of nonpolar base analogues, 2,2?-bipyridyl and 3-methylisocarbostyril. The total stabilization energies of the unperturbed system and the system perturbed by a base-analogue pair were comparable to the stability of both duplexes experimentally determined. This is due to large stacking interaction energy of the base-analogue self-pair which compensates for the missing hydrogen-bonding energy of the replaced adenine...thymine base pair.
Název v anglickém jazyce
Exceptional Thermodynamic Stability of DNA Duplexes Modified by Nonpolar Base Analogues Is due to Increased Stacking Interactions and Favorable Solvation: Correlated Ab Initio Calculations and Molecular Dynamics Simulations
Popis výsledku anglicky
The geometries of DNA hexamer (5?-GGAACC-3?) and DNA 13-mer (5?-GCGTACACATGCG-3?) have been determined by molecular dynamics (MD) simulations using an empirical force field. The central canonical base pair was replaced by a pair of nonpolar base analogues, 2,2?-bipyridyl and 3-methylisocarbostyril. The total stabilization energies of the unperturbed system and the system perturbed by a base-analogue pair were comparable to the stability of both duplexes experimentally determined. This is due to large stacking interaction energy of the base-analogue self-pair which compensates for the missing hydrogen-bonding energy of the replaced adenine...thymine base pair.
Klasifikace
Druh
J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP obor
CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.
Návaznosti
Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)
Ostatní
Rok uplatnění
2006
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
Chemistry - A European Journal
ISSN
0947-6539
e-ISSN
—
Svazek periodika
12
Číslo periodika v rámci svazku
13
Stát vydavatele periodika
DE - Spolková republika Německo
Počet stran výsledku
8
Strana od-do
3587-3595
Kód UT WoS článku
—
EID výsledku v databázi Scopus
—