Stretched DNA Investigated Using Molecular-Dynamics and Quantum-Mechanical Calculations
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61388963%3A_____%2F10%3A00342611" target="_blank" >RIV/61388963:_____/10:00342611 - isvavai.cz</a>
Výsledek na webu
—
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Stretched DNA Investigated Using Molecular-Dynamics and Quantum-Mechanical Calculations
Popis výsledku v původním jazyce
We combined atomistic molecular-dynamics simulations with quantum-mechanical calculations to investigate the sequence dependence of the stretching behavior of duplex DNA. Our quantum-mechanical/molecular-mechanical approach demonstrates that molecular-mechanical force fields are able to describe both the backbone and base-base interactions within the highly distorted nucleic acid structures produced by stretching the DNA just as well as these force fields describe relaxed DNA conformations. The molecular-dynamics simulations indicate that the force-induced melting pathway is sequence-dependent and is influenced by the availability of noncanonical hydrogen-bond interactions that can assist the disassociation of the DNA basepairs.
Název v anglickém jazyce
Stretched DNA Investigated Using Molecular-Dynamics and Quantum-Mechanical Calculations
Popis výsledku anglicky
We combined atomistic molecular-dynamics simulations with quantum-mechanical calculations to investigate the sequence dependence of the stretching behavior of duplex DNA. Our quantum-mechanical/molecular-mechanical approach demonstrates that molecular-mechanical force fields are able to describe both the backbone and base-base interactions within the highly distorted nucleic acid structures produced by stretching the DNA just as well as these force fields describe relaxed DNA conformations. The molecular-dynamics simulations indicate that the force-induced melting pathway is sequence-dependent and is influenced by the availability of noncanonical hydrogen-bond interactions that can assist the disassociation of the DNA basepairs.
Klasifikace
Druh
J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP obor
CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
<a href="/cs/project/LC512" target="_blank" >LC512: Centrum biomolekul a komplexních molekulových systémů</a><br>
Návaznosti
Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)
Ostatní
Rok uplatnění
2010
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
Biophysical Journal
ISSN
0006-3495
e-ISSN
—
Svazek periodika
98
Číslo periodika v rámci svazku
1
Stát vydavatele periodika
US - Spojené státy americké
Počet stran výsledku
10
Strana od-do
—
Kód UT WoS článku
000273433800012
EID výsledku v databázi Scopus
—