Strukturní přechod B-DNA z dvojšroubovice do řebříkové struktury je vyvolán ztrátou dispersní energie

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61989592%3A15310%2F08%3A00005767" target="_blank" >RIV/61989592:15310/08:00005767 - isvavai.cz</a>

Nalezeny alternativní kódy

RIV/61388963:_____/08:00315926

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Double-Helical -> Ladder Structural Transition in the B-DNA is Induced by a Loss of Dispersion Energy

Popis výsledku v původním jazyce

The role of the dispersion energy and electrostatic energy on the geometry and stability of the B-DNA helix was investigated. Both molecular dynamics simulations with empirical force field and hybrid quantum mechanical/molecular mechanics molecular dynamics simulations, where the dispersion or electrostatics term is suppressed/increased, on the one hand and an ab initio minimization procedure on the other have shown that the lack of the dispersion term leads to an increase of the vertical separation ofthe bases as well as to a loss of helicity, thus resulting in a ladder-like structure. A decrease of the electrostatic term produces a separation of the DNA strands. The biological consequences of both electrostatic and dispersion forces in DNA are enormous, and without either of them, DNA would become unstable and unable to provide the storage and transfer of genetic information.

Název v anglickém jazyce

Double-Helical -> Ladder Structural Transition in the B-DNA is Induced by a Loss of Dispersion Energy

Popis výsledku anglicky

The role of the dispersion energy and electrostatic energy on the geometry and stability of the B-DNA helix was investigated. Both molecular dynamics simulations with empirical force field and hybrid quantum mechanical/molecular mechanics molecular dynamics simulations, where the dispersion or electrostatics term is suppressed/increased, on the one hand and an ab initio minimization procedure on the other have shown that the lack of the dispersion term leads to an increase of the vertical separation ofthe bases as well as to a loss of helicity, thus resulting in a ladder-like structure. A decrease of the electrostatic term produces a separation of the DNA strands. The biological consequences of both electrostatic and dispersion forces in DNA are enormous, and without either of them, DNA would become unstable and unable to provide the storage and transfer of genetic information.

Druh

J_x - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

CEP obor

CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie

OECD FORD obor

—

Projekt

Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Rok uplatnění

2008

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Journal of American Chemical Society

ISSN

0002-7863

e-ISSN

—

Svazek periodika

130

Číslo periodika v rámci svazku

47

Stát vydavatele periodika

US - Spojené státy americké

Počet stran výsledku

5

Strana od-do

—

Kód UT WoS článku

—

EID výsledku v databázi Scopus

—