Adenine ribbon stabilized by Watson?Crick and Hoogsteen hydrogen Bonds: WFT and DFT study
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61388963%3A_____%2F10%3A00346391" target="_blank" >RIV/61388963:_____/10:00346391 - isvavai.cz</a>
Výsledek na webu
—
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Adenine ribbon stabilized by Watson?Crick and Hoogsteen hydrogen Bonds: WFT and DFT study
Popis výsledku v původním jazyce
The self-organized adenine ribbon is studied theoretically. The structure and physical properties of the monomer and five clusters of adenine (Ade)n (where n = 2, 3, 4, 5, 6) with AA22 configuration have been studied by means of the B3LYP, RI-TPSS, RI-TPSS-D (augmented with the dispersion term) and RI-MP2 methods using the 6-311+G(d,p), cc-pVTZ and TZVP basis sets. It is shown that among the investigated adenine clusters only the dimer has the planar structure. The evaluation of the three-body contribution to the total binding energy of adenine trimer has been performed at different levels of theory. The differences between the total electronic energies obtained at the RI-TPSS/TZVP-D and RI-TPSS/TZVP levels of theory have shown that the London dispersion forces stabilize the adenine cluster containing 12 or more molecules by about _8 kcal/mol per molecule.
Název v anglickém jazyce
Adenine ribbon stabilized by Watson?Crick and Hoogsteen hydrogen Bonds: WFT and DFT study
Popis výsledku anglicky
The self-organized adenine ribbon is studied theoretically. The structure and physical properties of the monomer and five clusters of adenine (Ade)n (where n = 2, 3, 4, 5, 6) with AA22 configuration have been studied by means of the B3LYP, RI-TPSS, RI-TPSS-D (augmented with the dispersion term) and RI-MP2 methods using the 6-311+G(d,p), cc-pVTZ and TZVP basis sets. It is shown that among the investigated adenine clusters only the dimer has the planar structure. The evaluation of the three-body contribution to the total binding energy of adenine trimer has been performed at different levels of theory. The differences between the total electronic energies obtained at the RI-TPSS/TZVP-D and RI-TPSS/TZVP levels of theory have shown that the London dispersion forces stabilize the adenine cluster containing 12 or more molecules by about _8 kcal/mol per molecule.
Klasifikace
Druh
J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP obor
CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
<a href="/cs/project/LC512" target="_blank" >LC512: Centrum biomolekul a komplexních molekulových systémů</a><br>
Návaznosti
Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)
Ostatní
Rok uplatnění
2010
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
Physical Chemistry Chemical Physics
ISSN
1463-9076
e-ISSN
—
Svazek periodika
12
Číslo periodika v rámci svazku
12
Stát vydavatele periodika
GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska
Počet stran výsledku
7
Strana od-do
—
Kód UT WoS článku
000275385700012
EID výsledku v databázi Scopus
—