Vše

Co hledáte?

Vše
Projekty
Výsledky výzkumu
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”

MS-Based Approaches Enable the Structural Characterization of Transcription Factor/DNA Response Element Complex

Identifikátory výsledku

  • Kód výsledku v IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61388971%3A_____%2F19%3A00519095" target="_blank" >RIV/61388971:_____/19:00519095 - isvavai.cz</a>

  • Nalezeny alternativní kódy

    RIV/00216208:11310/19:10402753

  • Výsledek na webu

    <a href="https://www.mdpi.com/2218-273X/9/10/535" target="_blank" >https://www.mdpi.com/2218-273X/9/10/535</a>

  • DOI - Digital Object Identifier

    <a href="http://dx.doi.org/10.3390/biom9100535" target="_blank" >10.3390/biom9100535</a>

Alternativní jazyky

  • Jazyk výsledku

    angličtina

  • Název v původním jazyce

    MS-Based Approaches Enable the Structural Characterization of Transcription Factor/DNA Response Element Complex

  • Popis výsledku v původním jazyce

    The limited information available on the structure of complexes involving transcription factors and cognate DNA response elements represents a major obstacle in the quest to understand their mechanism of action at the molecular level. We implemented a concerted structural proteomics approach, which combined hydrogen-deuterium exchange (HDX), quantitative protein-protein and protein-nucleic acid cross-linking (XL), and homology analysis, to model the structure of the complex between the full-length DNA binding domain (DBD) of Forkhead box protein O4 (FOXO4) and its DNA binding element (DBE). The results confirmed that FOXO4-DBD assumes the characteristic forkhead topology shared by these types of transcription factors, but its binding mode differs significantly from those of other members of the family. The results showed that the binding interaction stabilized regions that were rather flexible and disordered in the unbound form. Surprisingly, the conformational effects were not limited only to the interface between bound components, but extended also to distal regions that may be essential to recruiting additional factors to the transcription machinery. In addition to providing valuable new insights into the binding mechanism, this project provided an excellent evaluation of the merits of structural proteomics approaches in the investigation of systems that are not directly amenable to traditional high-resolution techniques.

  • Název v anglickém jazyce

    MS-Based Approaches Enable the Structural Characterization of Transcription Factor/DNA Response Element Complex

  • Popis výsledku anglicky

    The limited information available on the structure of complexes involving transcription factors and cognate DNA response elements represents a major obstacle in the quest to understand their mechanism of action at the molecular level. We implemented a concerted structural proteomics approach, which combined hydrogen-deuterium exchange (HDX), quantitative protein-protein and protein-nucleic acid cross-linking (XL), and homology analysis, to model the structure of the complex between the full-length DNA binding domain (DBD) of Forkhead box protein O4 (FOXO4) and its DNA binding element (DBE). The results confirmed that FOXO4-DBD assumes the characteristic forkhead topology shared by these types of transcription factors, but its binding mode differs significantly from those of other members of the family. The results showed that the binding interaction stabilized regions that were rather flexible and disordered in the unbound form. Surprisingly, the conformational effects were not limited only to the interface between bound components, but extended also to distal regions that may be essential to recruiting additional factors to the transcription machinery. In addition to providing valuable new insights into the binding mechanism, this project provided an excellent evaluation of the merits of structural proteomics approaches in the investigation of systems that are not directly amenable to traditional high-resolution techniques.

Klasifikace

  • Druh

    J<sub>imp</sub> - Článek v periodiku v databázi Web of Science

  • CEP obor

  • OECD FORD obor

    10608 - Biochemistry and molecular biology

Návaznosti výsledku

  • Projekt

    Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

  • Návaznosti

    P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Ostatní

  • Rok uplatnění

    2019

  • Kód důvěrnosti údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Údaje specifické pro druh výsledku

  • Název periodika

    Biomolecules

  • ISSN

    2218-273X

  • e-ISSN

  • Svazek periodika

    9

  • Číslo periodika v rámci svazku

    10

  • Stát vydavatele periodika

    CH - Švýcarská konfederace

  • Počet stran výsledku

    21

  • Strana od-do

    535

  • Kód UT WoS článku

    000497726800027

  • EID výsledku v databázi Scopus

    2-s2.0-85072692405