Vše

Co hledáte?

Vše
Projekty
Výsledky výzkumu
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”

Dynamic study of small toxic hydrophobic proteins PepA1 and PepG1 of Staphylococcus aureus

Identifikátory výsledku

  • Kód výsledku v IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61388971%3A_____%2F22%3A00562204" target="_blank" >RIV/61388971:_____/22:00562204 - isvavai.cz</a>

  • Nalezeny alternativní kódy

    RIV/86652036:_____/22:00562204 RIV/00216208:11110/22:10450210 RIV/00216208:11310/22:10450210

  • Výsledek na webu

    <a href="https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0141813022016245?via%3Dihub" target="_blank" >https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0141813022016245?via%3Dihub</a>

  • DOI - Digital Object Identifier

    <a href="http://dx.doi.org/10.1016/j.ijbiomac.2022.07.192" target="_blank" >10.1016/j.ijbiomac.2022.07.192</a>

Alternativní jazyky

  • Jazyk výsledku

    angličtina

  • Název v původním jazyce

    Dynamic study of small toxic hydrophobic proteins PepA1 and PepG1 of Staphylococcus aureus

  • Popis výsledku v původním jazyce

    Toxin-antitoxin (TA) systems are small genetic elements which encode toxin proteins that interfere with vital cellular functions. PepA1 and PepG1 toxin proteins, known also as SprA1 and SprG1, are type I TA. In Staphylococcus aureus (S. aureus), their expression without the antitoxin counterparts (SprA1AS and SprF1), is lethal to the pathogen. Molecular Dynamics (MD) simulation was performed for PepA1 and PepG1 to understand their dynamic state, conformational changes, and their toxicity. The protein structures were constructed and used for MD simulation and the conformational changes, stability, flexibility, fluctuations, hydrophobicity, and role of their dynamic state on function prediction were studied extensively by GROMACS MD simulation analysis tools. In silico study indicated that the PepA1 and PepG1 proteins change their structural conformation from an open to closed state where PepA1 conformational changes were faster (10 ns) than PepG1 (20 ns) while PepG1 exerted more stability and flexibility than PepA1. According to SASA values, PepG1 is more hydrophobic than the PepA1 and forms fewer hydrogen bonds than PepA1. The in vivo study with PepA1 and PepG1 proteins provided evidence that both the conformation changes between the open and closed states and the amino acid sequence are crucial for peptide toxicity.

  • Název v anglickém jazyce

    Dynamic study of small toxic hydrophobic proteins PepA1 and PepG1 of Staphylococcus aureus

  • Popis výsledku anglicky

    Toxin-antitoxin (TA) systems are small genetic elements which encode toxin proteins that interfere with vital cellular functions. PepA1 and PepG1 toxin proteins, known also as SprA1 and SprG1, are type I TA. In Staphylococcus aureus (S. aureus), their expression without the antitoxin counterparts (SprA1AS and SprF1), is lethal to the pathogen. Molecular Dynamics (MD) simulation was performed for PepA1 and PepG1 to understand their dynamic state, conformational changes, and their toxicity. The protein structures were constructed and used for MD simulation and the conformational changes, stability, flexibility, fluctuations, hydrophobicity, and role of their dynamic state on function prediction were studied extensively by GROMACS MD simulation analysis tools. In silico study indicated that the PepA1 and PepG1 proteins change their structural conformation from an open to closed state where PepA1 conformational changes were faster (10 ns) than PepG1 (20 ns) while PepG1 exerted more stability and flexibility than PepA1. According to SASA values, PepG1 is more hydrophobic than the PepA1 and forms fewer hydrogen bonds than PepA1. The in vivo study with PepA1 and PepG1 proteins provided evidence that both the conformation changes between the open and closed states and the amino acid sequence are crucial for peptide toxicity.

Klasifikace

  • Druh

    J<sub>imp</sub> - Článek v periodiku v databázi Web of Science

  • CEP obor

  • OECD FORD obor

    10404 - Polymer science

Návaznosti výsledku

  • Projekt

    Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

  • Návaznosti

    I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Ostatní

  • Rok uplatnění

    2022

  • Kód důvěrnosti údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Údaje specifické pro druh výsledku

  • Název periodika

    International Journal of Biological Macromolecules

  • ISSN

    0141-8130

  • e-ISSN

    1879-0003

  • Svazek periodika

    219

  • Číslo periodika v rámci svazku

    OCT 31 2022

  • Stát vydavatele periodika

    GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska

  • Počet stran výsledku

    12

  • Strana od-do

    1360-1371

  • Kód UT WoS článku

    000861506400005

  • EID výsledku v databázi Scopus

    2-s2.0-85138063621