Sequencing chromosome 5D of Aegilops tauschii and comparison with its allopolyploid descendant bread wheat (Triticum aestivum)
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61389030%3A_____%2F15%3A00447295" target="_blank" >RIV/61389030:_____/15:00447295 - isvavai.cz</a>
Výsledek na webu
<a href="http://dx.doi.org/10.1111/pbi.12302" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.1111/pbi.12302</a>
DOI - Digital Object Identifier
<a href="http://dx.doi.org/10.1111/pbi.12302" target="_blank" >10.1111/pbi.12302</a>
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Sequencing chromosome 5D of Aegilops tauschii and comparison with its allopolyploid descendant bread wheat (Triticum aestivum)
Popis výsledku v původním jazyce
Flow cytometric sorting of individual chromosomes and chromosome-based sequencing reduces the complexity of large, repetitive Triticeae genomes. We flow-sorted chromosome 5D of Aegilops tauschii, the D genome donor of bread wheat and sequenced it by Roche 454 GS FLX platform to approximately 2.2x coverage. Repetitive sequences represent 81.09% of the survey sequences of this chromosome, and Class I retroelements are the prominent type, with a particular abundance of LTR/Gypsy superfamily. Nonrepetitivesequences were assembled to cover 17.76% of the total chromosome regions. Up to 6188 nonrepetitive gene loci were predicted to be encoded by the 5D chromosome. The numbers and chromosomal distribution patterns of tRNA genes suggest abundance in tRNA(Lys)and tRNA(Met) species, while the nonrepetitive assembly reveals tRNA(Ala) species as the most abundant type. A comparative analysis of the genomic sequences of bread wheat and Aegilops chromosome 5D indicates conservation of gene content
Název v anglickém jazyce
Sequencing chromosome 5D of Aegilops tauschii and comparison with its allopolyploid descendant bread wheat (Triticum aestivum)
Popis výsledku anglicky
Flow cytometric sorting of individual chromosomes and chromosome-based sequencing reduces the complexity of large, repetitive Triticeae genomes. We flow-sorted chromosome 5D of Aegilops tauschii, the D genome donor of bread wheat and sequenced it by Roche 454 GS FLX platform to approximately 2.2x coverage. Repetitive sequences represent 81.09% of the survey sequences of this chromosome, and Class I retroelements are the prominent type, with a particular abundance of LTR/Gypsy superfamily. Nonrepetitivesequences were assembled to cover 17.76% of the total chromosome regions. Up to 6188 nonrepetitive gene loci were predicted to be encoded by the 5D chromosome. The numbers and chromosomal distribution patterns of tRNA genes suggest abundance in tRNA(Lys)and tRNA(Met) species, while the nonrepetitive assembly reveals tRNA(Ala) species as the most abundant type. A comparative analysis of the genomic sequences of bread wheat and Aegilops chromosome 5D indicates conservation of gene content
Klasifikace
Druh
J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP obor
EB - Genetika a molekulární biologie
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.
Návaznosti
I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace
Ostatní
Rok uplatnění
2015
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
Plant Biotechnology Journal
ISSN
1467-7644
e-ISSN
—
Svazek periodika
13
Číslo periodika v rámci svazku
6
Stát vydavatele periodika
US - Spojené státy americké
Počet stran výsledku
13
Strana od-do
740-752
Kód UT WoS článku
000357606800002
EID výsledku v databázi Scopus
—