A high-quality genome assembly highlights rye genomic characteristics and agronomically important genes
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61389030%3A_____%2F21%3A00545920" target="_blank" >RIV/61389030:_____/21:00545920 - isvavai.cz</a>
Výsledek na webu
<a href="http://doi.org/10.1038/s41588-021-00808-z" target="_blank" >http://doi.org/10.1038/s41588-021-00808-z</a>
DOI - Digital Object Identifier
<a href="http://dx.doi.org/10.1038/s41588-021-00808-z" target="_blank" >10.1038/s41588-021-00808-z</a>
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
A high-quality genome assembly highlights rye genomic characteristics and agronomically important genes
Popis výsledku v původním jazyce
Rye is a valuable food and forage crop, an important genetic resource for wheat and triticale improvement and an indispensable material for efficient comparative genomic studies in grasses. Here, we sequenced the genome of Weining rye, an elite Chinese rye variety. The assembled contigs (7.74 Gb) accounted for 98.47% of the estimated genome size (7.86 Gb), with 93.67% of the contigs (7.25 Gb) assigned to seven chromosomes. Repetitive elements constituted 90.31% of the assembled genome. Compared to previously sequenced Triticeae genomes, Daniela, Sumaya and Sumana retrotransposons showed strong expansion in rye. Further analyses of the Weining assembly shed new light on genome-wide gene duplications and their impact on starch biosynthesis genes, physical organization of complex prolamin loci, gene expression features underlying early heading trait and putative domestication-associated chromosomal regions and loci in rye. This genome sequence promises to accelerate genomic and breeding studies in rye and related cereal crops.
Název v anglickém jazyce
A high-quality genome assembly highlights rye genomic characteristics and agronomically important genes
Popis výsledku anglicky
Rye is a valuable food and forage crop, an important genetic resource for wheat and triticale improvement and an indispensable material for efficient comparative genomic studies in grasses. Here, we sequenced the genome of Weining rye, an elite Chinese rye variety. The assembled contigs (7.74 Gb) accounted for 98.47% of the estimated genome size (7.86 Gb), with 93.67% of the contigs (7.25 Gb) assigned to seven chromosomes. Repetitive elements constituted 90.31% of the assembled genome. Compared to previously sequenced Triticeae genomes, Daniela, Sumaya and Sumana retrotransposons showed strong expansion in rye. Further analyses of the Weining assembly shed new light on genome-wide gene duplications and their impact on starch biosynthesis genes, physical organization of complex prolamin loci, gene expression features underlying early heading trait and putative domestication-associated chromosomal regions and loci in rye. This genome sequence promises to accelerate genomic and breeding studies in rye and related cereal crops.
Klasifikace
Druh
J<sub>imp</sub> - Článek v periodiku v databázi Web of Science
CEP obor
—
OECD FORD obor
10608 - Biochemistry and molecular biology
Návaznosti výsledku
Projekt
<a href="/cs/project/EF16_019%2F0000827" target="_blank" >EF16_019/0000827: Rostliny jako prostředek udržitelného globálního rozvoje</a><br>
Návaznosti
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)
Ostatní
Rok uplatnění
2021
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
Nature Genetics
ISSN
1061-4036
e-ISSN
1546-1718
Svazek periodika
53
Číslo periodika v rámci svazku
4
Stát vydavatele periodika
US - Spojené státy americké
Počet stran výsledku
11
Strana od-do
574-584
Kód UT WoS článku
000630267000001
EID výsledku v databázi Scopus
2-s2.0-85103024442