Vše

Co hledáte?

Vše
Projekty
Výsledky výzkumu
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”

Global analysis of inverted repeat sequences in human gene promoters reveals their non-random distribution and association with speci fic biological pathways

Identifikátory výsledku

  • Kód výsledku v IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61988987%3A17310%2F20%3AA21027WP" target="_blank" >RIV/61988987:17310/20:A21027WP - isvavai.cz</a>

  • Nalezeny alternativní kódy

    RIV/68081707:_____/20:00539353 RIV/62156489:43110/20:43917709

  • Výsledek na webu

    <a href="https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S088875431930850X" target="_blank" >https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S088875431930850X</a>

  • DOI - Digital Object Identifier

    <a href="http://dx.doi.org/10.1016/j.ygeno.2020.03.014" target="_blank" >10.1016/j.ygeno.2020.03.014</a>

Alternativní jazyky

  • Jazyk výsledku

    angličtina

  • Název v původním jazyce

    Global analysis of inverted repeat sequences in human gene promoters reveals their non-random distribution and association with speci fic biological pathways

  • Popis výsledku v původním jazyce

    Inverted repeats (IR) play important roles in specific DNA-dependent processes in simple prokaryotes to complex eukaryotes. They are recognized by a variety of proteins including restriction enzymes, helicases and transcription factors. We evaluate the presence and localization of IRs in all validated human promoter sequences within 1000 bp upstream and downstream of the transcription start site (TSS). The occurrence of 7 bp and longer IRs is located non-randomly in promoter regions, with enrichment within 200 bp upstream of the TSS. The highest frequency of IRs is just before TSS for repeats of 8 bp or longer. A comparison of promoters divided according to the occurrence of five individual promoter motifs shows unique location patterns of IRs. Principal component analyses and hierarchical clustering of IRs abundance demonstrated that they are depleted and/or not enriched in the promoters of stably expressed genes, but show significant enrichments for specific dynamically regulated biological pathways.

  • Název v anglickém jazyce

    Global analysis of inverted repeat sequences in human gene promoters reveals their non-random distribution and association with speci fic biological pathways

  • Popis výsledku anglicky

    Inverted repeats (IR) play important roles in specific DNA-dependent processes in simple prokaryotes to complex eukaryotes. They are recognized by a variety of proteins including restriction enzymes, helicases and transcription factors. We evaluate the presence and localization of IRs in all validated human promoter sequences within 1000 bp upstream and downstream of the transcription start site (TSS). The occurrence of 7 bp and longer IRs is located non-randomly in promoter regions, with enrichment within 200 bp upstream of the TSS. The highest frequency of IRs is just before TSS for repeats of 8 bp or longer. A comparison of promoters divided according to the occurrence of five individual promoter motifs shows unique location patterns of IRs. Principal component analyses and hierarchical clustering of IRs abundance demonstrated that they are depleted and/or not enriched in the promoters of stably expressed genes, but show significant enrichments for specific dynamically regulated biological pathways.

Klasifikace

  • Druh

    J<sub>imp</sub> - Článek v periodiku v databázi Web of Science

  • CEP obor

  • OECD FORD obor

    10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)

Návaznosti výsledku

  • Projekt

    Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

  • Návaznosti

    I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Ostatní

  • Rok uplatnění

    2020

  • Kód důvěrnosti údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Údaje specifické pro druh výsledku

  • Název periodika

    Genomics

  • ISSN

    0888-7543

  • e-ISSN

  • Svazek periodika

    112

  • Číslo periodika v rámci svazku

    4

  • Stát vydavatele periodika

    US - Spojené státy americké

  • Počet stran výsledku

    6

  • Strana od-do

    2772-2777

  • Kód UT WoS článku

    000534479700011

  • EID výsledku v databázi Scopus