PROSIMA: Protein Similarity Algorithm

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61989100%3A27240%2F09%3A86077763" target="_blank" >RIV/61989100:27240/09:86077763 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

PROSIMA: Protein Similarity Algorithm

Popis výsledku v původním jazyce

In this article we present a novel algorithm for measuring protein similarity based on their three dimensional structure (protein tertiary structure). The PROSIMA algorithm using suffix tress for discovering common parts of main-chains of all proteins appearing in current NCSB Protein Data Bank (PDB). By identifying these common parts we build a vector model and next use classical information retrieval tasks based on the vector model to measure the similarity between proteins - all to all protein similarity. For the calculation of protein similarity we are using tf-idf terra weighing schema and cosine similarity measure.

Název v anglickém jazyce

PROSIMA: Protein Similarity Algorithm

Popis výsledku anglicky

In this article we present a novel algorithm for measuring protein similarity based on their three dimensional structure (protein tertiary structure). The PROSIMA algorithm using suffix tress for discovering common parts of main-chains of all proteins appearing in current NCSB Protein Data Bank (PDB). By identifying these common parts we build a vector model and next use classical information retrieval tasks based on the vector model to measure the similarity between proteins - all to all protein similarity. For the calculation of protein similarity we are using tf-idf terra weighing schema and cosine similarity measure.

Druh

D - Stať ve sborníku

CEP obor

IN - Informatika

OECD FORD obor

—

Projekt

—

Návaznosti

Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Rok uplatnění

2009

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název statě ve sborníku

IEEE World Congress on Nature &amp; Biologically Inspired Computing, 2009. NaBIC 2009

ISBN

978-1-4244-5053-4

ISSN

—

e-ISSN

—

Počet stran výsledku

8

Strana od-do

—

Název nakladatele

IEEE Computer Society

Místo vydání

Los Alamitos, California

Místo konání akce

Indie

Datum konání akce

9. 12. 2009

Typ akce podle státní příslušnosti

WRD - Celosvětová akce

Kód UT WoS článku

000288686500015