Effect of Guanine to Inosine Substitution on Stability of Canonical DNA and RNA Duplexes: Molecular Dynamics Thermodynamics Integration Study
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61989592%3A15310%2F13%3A33148288" target="_blank" >RIV/61989592:15310/13:33148288 - isvavai.cz</a>
Nalezeny alternativní kódy
RIV/68081707:_____/13:00392599 RIV/00216224:14740/13:00067680
Výsledek na webu
<a href="http://dx.doi.org/10.1021/jp311180u" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.1021/jp311180u</a>
DOI - Digital Object Identifier
<a href="http://dx.doi.org/10.1021/jp311180u" target="_blank" >10.1021/jp311180u</a>
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Effect of Guanine to Inosine Substitution on Stability of Canonical DNA and RNA Duplexes: Molecular Dynamics Thermodynamics Integration Study
Popis výsledku v původním jazyce
Guanine to inosine (G -} I) substitution has often been used to study various properties of nucleic acids. Inosine differs from guanine only by loss of the N2 amino group, while both bases have similar electrostatic potentials. Therefore, G -} I substitution appears to be optimally suited to probe structural and thermodynamics effects of single H-bonds and atomic groups. However, recent experiments have revealed substantial difference in free energy impact of G -} I substitution in the context of B-DNAand A-RNA canonical helices, suggesting that the free energy changes reflect context-dependent balance of energy contributions rather than intrinsic strength of a single Fl-bond. In the present study, we complement the experiments by free energy computations using thermodynamics integration method based on extended explicit solvent molecular dynamics simulations. The computations successfully reproduce the basic qualitative difference in free energy impact of G -} I substitution in B-DNA
Název v anglickém jazyce
Effect of Guanine to Inosine Substitution on Stability of Canonical DNA and RNA Duplexes: Molecular Dynamics Thermodynamics Integration Study
Popis výsledku anglicky
Guanine to inosine (G -} I) substitution has often been used to study various properties of nucleic acids. Inosine differs from guanine only by loss of the N2 amino group, while both bases have similar electrostatic potentials. Therefore, G -} I substitution appears to be optimally suited to probe structural and thermodynamics effects of single H-bonds and atomic groups. However, recent experiments have revealed substantial difference in free energy impact of G -} I substitution in the context of B-DNAand A-RNA canonical helices, suggesting that the free energy changes reflect context-dependent balance of energy contributions rather than intrinsic strength of a single Fl-bond. In the present study, we complement the experiments by free energy computations using thermodynamics integration method based on extended explicit solvent molecular dynamics simulations. The computations successfully reproduce the basic qualitative difference in free energy impact of G -} I substitution in B-DNA
Klasifikace
Druh
J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP obor
CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.
Návaznosti
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)
Ostatní
Rok uplatnění
2013
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
Journal of Physical Chemistry B
ISSN
1520-6106
e-ISSN
—
Svazek periodika
117
Číslo periodika v rámci svazku
6
Stát vydavatele periodika
US - Spojené státy americké
Počet stran výsledku
8
Strana od-do
1872-1879
Kód UT WoS článku
000315181600046
EID výsledku v databázi Scopus
—