SSR loci survey of technical hemp cultivars: The optimization of a cost-effective analyses to study genetic variability
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F62156489%3A43210%2F20%3A43918061" target="_blank" >RIV/62156489:43210/20:43918061 - isvavai.cz</a>
Nalezeny alternativní kódy
RIV/26784246:_____/20:N0000035
Výsledek na webu
<a href="https://doi.org/10.1016/j.plantsci.2020.110551" target="_blank" >https://doi.org/10.1016/j.plantsci.2020.110551</a>
DOI - Digital Object Identifier
<a href="http://dx.doi.org/10.1016/j.plantsci.2020.110551" target="_blank" >10.1016/j.plantsci.2020.110551</a>
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
SSR loci survey of technical hemp cultivars: The optimization of a cost-effective analyses to study genetic variability
Popis výsledku v původním jazyce
Our study aimed to optimize a selection of a suitable combination of SSRs (Simple Sequence Repeats) for determination of technical Cannabis cultivars and genetic variability level. We used sequences of 23 published SSR families (107 alleles) and amplified them in 28 cultivars. One of the alleles possesses no selective information (SSR family CAN1660) due to its presence in every single tested cultivar. We excluded it, together with another 11 least informative alleles. After data filtration, we used 96 alleles to do recursive sub-sampling of random alleles' sets. We found a minimal set of 8 alleles (in three different combinations) to distinguish 28 analyzed cultivars from each other. Our results contribute to saving resources and to reduce the performance time of the molecular analysis.
Název v anglickém jazyce
SSR loci survey of technical hemp cultivars: The optimization of a cost-effective analyses to study genetic variability
Popis výsledku anglicky
Our study aimed to optimize a selection of a suitable combination of SSRs (Simple Sequence Repeats) for determination of technical Cannabis cultivars and genetic variability level. We used sequences of 23 published SSR families (107 alleles) and amplified them in 28 cultivars. One of the alleles possesses no selective information (SSR family CAN1660) due to its presence in every single tested cultivar. We excluded it, together with another 11 least informative alleles. After data filtration, we used 96 alleles to do recursive sub-sampling of random alleles' sets. We found a minimal set of 8 alleles (in three different combinations) to distinguish 28 analyzed cultivars from each other. Our results contribute to saving resources and to reduce the performance time of the molecular analysis.
Klasifikace
Druh
J<sub>imp</sub> - Článek v periodiku v databázi Web of Science
CEP obor
—
OECD FORD obor
40106 - Agronomy, plant breeding and plant protection; (Agricultural biotechnology to be 4.4)
Návaznosti výsledku
Projekt
—
Návaznosti
I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace
Ostatní
Rok uplatnění
2020
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
Plant Science
ISSN
0168-9452
e-ISSN
—
Svazek periodika
298
Číslo periodika v rámci svazku
September
Stát vydavatele periodika
IE - Irsko
Počet stran výsledku
7
Strana od-do
110551
Kód UT WoS článku
000557874400008
EID výsledku v databázi Scopus
2-s2.0-85087302533