Toward structure-based drug design against the epidermal growth factor receptor (EGFR)

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F62156489%3A43210%2F21%3A43918477" target="_blank" >RIV/62156489:43210/21:43918477 - isvavai.cz</a>

Nalezeny alternativní kódy

RIV/00216305:26620/21:PU140216

Výsledek na webu

<a href="https://doi.org/10.1016/j.drudis.2020.10.007" target="_blank" >https://doi.org/10.1016/j.drudis.2020.10.007</a>

DOI - Digital Object Identifier

<a href="http://dx.doi.org/10.1016/j.drudis.2020.10.007" target="_blank" >10.1016/j.drudis.2020.10.007</a>

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Toward structure-based drug design against the epidermal growth factor receptor (EGFR)

Popis výsledku v původním jazyce

Most of the available crystal structures of epidermal growth factor receptor (EGFR) kinase domain, bound to drug inhibitors, originated from ligand-based drug design studies. Here, we used variations in 110 crystal structures to assemble eight distinct families highlighting the C-helix orientation in the N-lobe of the EGFR kinase domain. The families shared similar mutational profiles and similarity in the ligand R-groups (chemical composition, geometry, and charge) facing the C-helix, mutation sites, and DFG domain. For structure-based drug design, we recommend a systematic decision-making process for choice of template, guided by appropriate pairwise fitting and clustering before the molecular docking step. Alternatively, the binding site shape/volume can be used to filter and select the compound libraries. The article delineates structural features crucial for EGFR structure-based drug design and provides a rationale for the use of EGFR structure families for drug discovery applications.

Název v anglickém jazyce

Toward structure-based drug design against the epidermal growth factor receptor (EGFR)

Popis výsledku anglicky

Most of the available crystal structures of epidermal growth factor receptor (EGFR) kinase domain, bound to drug inhibitors, originated from ligand-based drug design studies. Here, we used variations in 110 crystal structures to assemble eight distinct families highlighting the C-helix orientation in the N-lobe of the EGFR kinase domain. The families shared similar mutational profiles and similarity in the ligand R-groups (chemical composition, geometry, and charge) facing the C-helix, mutation sites, and DFG domain. For structure-based drug design, we recommend a systematic decision-making process for choice of template, guided by appropriate pairwise fitting and clustering before the molecular docking step. Alternatively, the binding site shape/volume can be used to filter and select the compound libraries. The article delineates structural features crucial for EGFR structure-based drug design and provides a rationale for the use of EGFR structure families for drug discovery applications.

Druh

J_imp - Článek v periodiku v databázi Web of Science

CEP obor

—

OECD FORD obor

10608 - Biochemistry and molecular biology

Projekt

<a href="/cs/project/GA18-10251S" target="_blank" >GA18-10251S: Komplexní pohled na mechanismus působení a metabolismus inhibitorů tyrosinkinas a studium přístupů k potenciaci jejich protinádorové účinnosti</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2021

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Drug Discovery Today

ISSN

1359-6446

e-ISSN

—

Svazek periodika

26

Číslo periodika v rámci svazku

2

Stát vydavatele periodika

GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska

Počet stran výsledku

7

Strana od-do

289-295

Kód UT WoS článku

000632661300001

EID výsledku v databázi Scopus

2-s2.0-85094593661