Komparativní genomika izolátů Escherichia coli ST131 humánního, veterinárního a environmentálního původu z České republiky

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F62157124%3A16270%2F23%3A43880828" target="_blank" >RIV/62157124:16270/23:43880828 - isvavai.cz</a>

Nalezeny alternativní kódy

RIV/62157124:16810/23:43880828

Výsledek na webu

<a href="https://www.vetuni.cz/files/upload/733/KMVP" target="_blank" >https://www.vetuni.cz/files/upload/733/KMVP</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

Komparativní genomika izolátů Escherichia coli ST131 humánního, veterinárního a environmentálního původu z České republiky

Popis výsledku v původním jazyce

Escherichia coli sekvenčního typu ST131 je multirezistentní klonální linie vysoké epidemiologické relevance. Cílem této studie bylo prozkoumat genetickou strukturu velké sbírky izolátů pocházející z různých zdrojů a provést fylogenetickou analýzu k vyhodnocení jejich vztahů. Provedli jsme celogenomové sekvenování 898 izolátů ST131 z lidí, životního prostředí, divoké zvěře, potravinářských zvířat a zájmových zvířat získaných v České republice v letech 2005-2021. Izoláty byly přiřazeny k ST a byly hodnoceny obsažené geny rezistence na antibiotika, faktory virulence a plazmidové replikony. Fylogenetická analýza v kombinaci s charakterizací genů fimH a blaCTX-M umožnila kategorizaci do kladů A, B, C0, C1 a C2. Celkově jsme detekovali 72,4 % izolátů nesoucí variantu blaCTX-M odpovědnou za rezistenci vůči beta-laktamovým antibiotikům. Většina izolátů patřila do kladu C (804/898), přičemž C1 (262/898) a C2 (528/898) vykazovaly vysokou klonalitu. Čtyřicet devět izolátů patřilo do kladu A a ty z lidí a vzorků vody byly spojeny s plazmidy podobnými pUTI89 (F29:A-:B10) nalezenému v patogenních bakteriích z infekcí močových cest. Přítomnost různé plazmidy F-typu byly detekovány ve všech izolátech bez ohledu na asociaci kladů.

Název v anglickém jazyce

Comparative genomics of Escherichia coli ST131 isolates of human, veterinary and environmental origin from the Czech Republic

Popis výsledku anglicky

Escherichia coli of sequence type ST131 is a multi-drug resistant clonal lineage of high epidemiological relevance. The aim of this study was to explore the genetic structure of a large collection of isolates originating from various sources and perform the phylogenetic analysis to evaluate their relationships. We performed a whole-genome sequencing of 898 ST131 isolates from humans, environment, wildlife, food animals and companion animals obtained in the Czech Republic during years 2005-2021. Isolates were assigned to STs and the content of antibiotic resistance genes, virulence factors and plasmid replicons was assessed. Phylogenetic analysis, in combination with characterization of fimH and blaCTXM genes, enabled categorization into clades A, B, C0, C1 and C2. Overall, we detected 72.4% of isolates carrying a variant of blaCTX-M responsible for resistance to beta-lactam antibiotics. Most isolates belonged to clade C (804/898) with C1 (262/898) and C2 (528/898) showing high clonality. Forty-nine isolates belonged to clade A and those from humans and water samples were associated with plasmids similar to pUTI89 (F29:A-:B10) found in pathogenic bacteria from urinary tract infections. Presence of diverse F-type plasmids was detected throughout all isolates irrespective of clade association.

Druh

D - Stať ve sborníku

CEP obor

—

OECD FORD obor

10606 - Microbiology

Projekt

—

Návaznosti

S - Specificky vyzkum na vysokych skolach

Rok uplatnění

2023

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název statě ve sborníku

XXV. konference mladých vědeckých pracovníků s mezinárodní účastí: Sborník příspěvků

ISBN

978-80-7305-928-6

ISSN

—

e-ISSN

—

Počet stran výsledku

4

Strana od-do

55-58

Název nakladatele

Veterinární univerzita Brno

Místo vydání

Brno

Místo konání akce

Brno

Datum konání akce

24. 5. 2023

Typ akce podle státní příslušnosti

EUR - Evropská akce

Kód UT WoS článku

—