Vyšetření dědičných predispozic k nádorovým onemocněním metodou NGS – dosavadní výsledky a nejasné případy

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F65269705%3A_____%2F19%3A00071700" target="_blank" >RIV/65269705:_____/19:00071700 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

<a href="https://aleph.nkp.cz/F/?func=direct&doc_number=003124000&local_base=NKC" target="_blank" >https://aleph.nkp.cz/F/?func=direct&doc_number=003124000&local_base=NKC</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

Vyšetření dědičných predispozic k nádorovým onemocněním metodou NGS – dosavadní výsledky a nejasné případy

Popis výsledku v původním jazyce

S rozvojem masivně paralelního sekvenování (NGS) se stále více ukazuje, že podíl hereditárních onkolologických onemocnění byl v minulosti značně podceňován. Proto byl na našem pracovišti navržen, zvalidován a akreditován NGS panel s názvem BRONCO (BRNO-ONCO), který má za cíl odhalit germinální patogenní varianty v genech souvisejících se vznikem nádorového onemocnění (296 genů, které se podílejí převážně na opravách DNA). Do ledna 2019 bylo vyšetřeno celkem 111 pacientů. 68 s diagnózou karcinomu prsu nebo ovarií (podezření na HBOC) a 35 s nádory GIT (zejména HNPCC). Zbývajících 8 pacientů mělo jiné diagnózy (melanom, renální karcinom, neuroblastom aj.) Sekvenační knihovny jsou připravovány technologií SureSelect HS XT. Vlastní sekvenace potom probíhá na přístroji NextSeq 500 (Illumina). U 68 pacientů s karcinomem prsu či ovarií jsme detekovali patogenní nebo pravděpodobně patogenní variantu ve 21 případech (31 %), ve 4 případech (6 %) byla detekována varianta nejasného klinického významu (VUS) a u 43 pacientů (63 %) byly nalezeny pouze varianty benigní. Z 35 případů s nádory GIT byla patogenní varianta nalezena u 13 pacientů (37 %), VUS v 7 případech (20 %) a u 15 pacientů (43 %) šlo pouze o benigní varianty. Panelem BRONCO byla nalezena patogenní varianta v genu souvisejícím s onemocněním pacienta téměř u třetiny všech vyšetřených. Ne vždy je však nález patogenní varianty v určitém genu dostačující pro vysvětlení diagnózy pacienta. Například u 39-leté pacientky s karcinomem prsu byla detekována patogenní nonsense varianta c.754C&gt;T v genu RAD51D, která ale nesegregovala s onemocněním v rodině. U některých genů zase není jasně prokázaná spojitost s danou diagnózou, jako tomu bylo u 44-leté pacientky s karcinomem prsu, kde byla detekována patogenní varianta c.31deIG v genu KAT5. Stanovení germinálních variant u onkologických pacientů je velmi důležité pro nastavení nejvhodnější léčby, profylaxe a také došetření zdravých členů rodiny. Ne vždy je však nález patogenní varianty v určitém genu dostačující pro vysvětlení diagnózy pacienta a je nutné v analýze pokračovat např. celoexomovým nebo celogenomovým sekvenováním, či funkční analýzou.

Název v anglickém jazyce

Examination of hereditary predispositions to cancer by the NGS method - results to date and unclear cases

Popis výsledku anglicky

With the development of massively parallel sequencing (NGS), it has become increasingly clear that the proportion of hereditary oncological diseases has been greatly underestimated in the past. Therefore, an NGS panel called BRONCO (BRNO-ONCO) was designed, validated and accredited at our workplace, which aims to detect germinal pathogenic variants in genes related to cancer (296 genes that are mainly involved in DNA repair). By January 2019, a total of 111 patients had been examined. 68 with a diagnosis of breast or ovarian cancer (suspected HBOC) and 35 with GIT tumors (especially HNPCC). The remaining 8 patients had other diagnoses (melanoma, renal cell carcinoma, neuroblastoma, etc.). Sequencing libraries are prepared using SureSelect HS XT technology. The actual sequencing then takes place on the NextSeq 500 (Illumina). In 68 patients with breast or ovarian cancer we detected a pathogenic or probably pathogenic variant in 21 cases (31%), in 4 cases (6%) a variant of unclear clinical significance (VUS) was detected and in 43 patients (63%) only variants were found. benign. Of the 35 cases with GIT tumors, the pathogenic variant was found in 13 patients (37%), VUS in 7 cases (20%) and in 15 patients (43%) it was only benign variants. The BRONCO panel found a pathogenic variant in the gene related to the patient&apos;s disease in almost a third of all examined. However, finding a pathogenic variant in a particular gene is not always sufficient to explain the patient&apos;s diagnosis. For example, in a 39-year-old breast cancer patient, a pathogenic nonsense variant c.754C&gt; T was detected in the RAD51D gene, but did not segregate with the disease in the family. For some genes, the association with the diagnosis is not clearly established, as was the case in a 44-year-old patient with breast cancer, where a pathogenic variant of c.31deIG in the KAT5 gene was detected. Determination of germinal variants in cancer patients is very important for setting the most appropriate treatment, prophylaxis and also follow-up of healthy family members. However, the finding of a pathogenic variant in a certain gene is not always sufficient to explain the patient&apos;s diagnosis and it is necessary to continue the analysis, eg with whole exome or whole genome sequencing, or functional analysis.

Druh

O - Ostatní výsledky

CEP obor

—

OECD FORD obor

30204 - Oncology

Projekt

Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2019

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů