Detekce kauzálních variant u hereditárních nádorových syndromů kombinací metod NGS a DIGIMLPA

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F65269705%3A_____%2F21%3A00074816" target="_blank" >RIV/65269705:_____/21:00074816 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

<a href="https://www.linkos.cz/files/klinicka-onkologie/495.pdf" target="_blank" >https://www.linkos.cz/files/klinicka-onkologie/495.pdf</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

Detekce kauzálních variant u hereditárních nádorových syndromů kombinací metod NGS a DIGIMLPA

Popis výsledku v původním jazyce

Východiska: Předpokládá se, že asi 10 % nádorových onemocnění je zapříčiněno vrozenou predispozicí. Toto číslo však nemusí být konečné, neboť s rozvojem technologie sekvenování nové generace (NGS) se stále nacházejí další geny asociované s nádorovými onemocněními. Z detekovaných kauzálních variant jsou nejčastější jednonukleotidové záměny (SNV) a malé delece nebo duplikace. V menší míře bývají přítomny také rozsáhlejší genové aberace, pro jejichž záchyt je vhodná např. analýza variant v počtu kopií (CNV) pomocí NGS, dále metoda MLPA či nově digiMLPA (digitální MLPA). Soubor pacientů a metody: Pomocí NGS panelu BRONCO, který zahrnuje 296 genů asociovaných s dědičnými nádorovými predispozicemi, jsme analyzovali celkem 660 pacientů; 412 pacientů s podezřením na HBOC (syndrom dědičného karcinomu prsu a ovarií) a 248 pacientů s jinými nádorovými onemocněními (Lynchův syndrom aj.). Nově zavedenou metodou digiMLPA (D001; hereditary cancer panel 1) jsme doposud analyzovali 75 pacientů z obou výše zmíněných skupin. Výsledky: U HBOC pacientů jsme patogenní variantu prokázali v 80 případech (19 %), u ostatních jsme patogenní variantu nalezli ve 33 případech (13 %). Pomocí metody digiMLPA jsme detekovali dvě genové aberace (2,66 %). V prvním případě se jednalo o deleci 2. exonu genu BRIP1, což bylo také potvrzeno CNV analýzou. Ve druhém případě jsme identifikovali deleci genu CHEK2. CNV analýza tohoto pacienta prokázala rozsáhlou deleci zahrnující kromě CHEK2 také několik přilehlých genů. Po provedení aCGH (komparativní genomová hybridizace) byl upřesněn rozsah delece na 22. chromozomu zahrnující oblast 22q12.1-22q12.3. Závěr: Kromě detekce patogenních variant v genech doporučených pro testování (dle NCCN), nalézáme patogenní varianty i v dalších genech, které mohou s diagnózou pacienta souviset (nejčastěji jde o geny zapojené do DNA reparačních drah). Pro interpretaci takových variant je vždy nutná úzká spolupráce s klinickým genetikem s ohledem na diagnózu a rodinnou anamnézu pacienta. DigiMLPA je přínosným doplněním analýzy NGS u pacientů s podezřením na dědičné nádorové syndromy. Metoda detekuje rozsáhlé genové aberace a současně ověřuje nálezy detekované CNV analýzou pomocí NGS.

Název v anglickém jazyce

Detection of causal variants in hereditary tumor syndromes by a combination of NGS and DIGIMLPA methods

Popis výsledku anglicky

Background: It is estimated that about 10% of cancers are caused by congenital predisposition. However, this number may not be definitive, as with the development of next-generation sequencing technology (NGS), other genes associated with cancer are still being found. Of the detected causal variants, single nucleotide substitutions (SNVs) and small deletions or duplications are the most common. To a lesser extent, more extensive gene aberrations are also present, for the detection of which it is suitable, for example, analysis of variants in copy number (CNV) using NGS, the MLPA method or the new digiMLPA (digital MLPA). Patient population and methods: Using the BRONCO NGS panel, which includes 296 genes associated with hereditary tumor predispositions, we analyzed a total of 660 patients; 412 patients with suspected HBOC (hereditary breast and ovarian cancer syndrome) and 248 patients with other cancers (Lynch syndrome, etc.). We have so far analyzed 75 patients from both of the above groups with the newly introduced digiMLPA method (D001; hereditary cancer panel 1). Results: In HBOC patients we demonstrated a pathogenic variant in 80 cases (19%), in others we found a pathogenic variant in 33 cases (13%). Using the digiMLPA method, we detected two gene aberrations (2.66%). The first case was a deletion of exon 2 of the BRIP1 gene, which was also confirmed by CNV analysis. In the second case, we identified a deletion of the CHEK2 gene. CNV analysis of this patient showed an extensive deletion involving, in addition to CHEK2, several adjacent genes. Following aCGH (comparative genomic hybridization), the extent of the deletion on chromosome 22 comprising the 22q12.1-22q12.3 region was specified. Conclusion: In addition to the detection of pathogenic variants in genes recommended for testing (according to NCCN), we find pathogenic variants in other genes that may be related to the patient&apos;s diagnosis (most often genes involved in DNA repair pathways). Close interpretation with a clinical geneticist is always necessary for the interpretation of such variants with regard to the patient&apos;s diagnosis and family history. DigiMLPA is a beneficial supplement to NGS analysis in patients with suspected hereditary cancer syndromes. The method detects extensive gene aberrations and at the same time verifies the findings detected by CNV analysis using NGS.

Druh

O - Ostatní výsledky

CEP obor

—

OECD FORD obor

30204 - Oncology

Projekt

—

Návaznosti

I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Rok uplatnění

2021

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů