Robust Image Analysis of BeadChip Microarrays

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F67985807%3A_____%2F15%3A00438102" target="_blank" >RIV/67985807:_____/15:00438102 - isvavai.cz</a>

Nalezeny alternativní kódy

RIV/68407700:21460/15:00231275 RIV/00216208:11110/15:10322994

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Robust Image Analysis of BeadChip Microarrays

Popis výsledku v původním jazyce

Microarray images in molecular genetics are heavily contaminated by noise and outlying measurements. This paper is devoted to analysis of Illumina BeadChip microarray images, primarily to their low-level preprocessing. We point out that standard image analysis procedures, which are implemented in the beadarray package of BioConductor software, are highly sensitive to contamination by severe noise and outliers. Therefore, the habitually used methodology does not discover many of the outliers. We illustrate this on real data and show that the standard background correction method may actually amplify the noise in the image. A robust image analysis tailor-made for this type of microarray images is highly desirable. We explain principles and show preliminary results of our robust alternative to the standard approach, which aims to be robust to noise and outliers in each its step.

Název v anglickém jazyce

Robust Image Analysis of BeadChip Microarrays

Popis výsledku anglicky

Microarray images in molecular genetics are heavily contaminated by noise and outlying measurements. This paper is devoted to analysis of Illumina BeadChip microarray images, primarily to their low-level preprocessing. We point out that standard image analysis procedures, which are implemented in the beadarray package of BioConductor software, are highly sensitive to contamination by severe noise and outliers. Therefore, the habitually used methodology does not discover many of the outliers. We illustrate this on real data and show that the standard background correction method may actually amplify the noise in the image. A robust image analysis tailor-made for this type of microarray images is highly desirable. We explain principles and show preliminary results of our robust alternative to the standard approach, which aims to be robust to noise and outliers in each its step.

Druh

D - Stať ve sborníku

CEP obor

IN - Informatika

OECD FORD obor

—

Projekt

—

Návaznosti

I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Rok uplatnění

2015

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název statě ve sborníku

BIOIMAGING 2015. Proceedings of the International Conference on Bioimaging

ISBN

978-989-758-072-7

ISSN

—

e-ISSN

—

Počet stran výsledku

6

Strana od-do

89-94

Název nakladatele

Scitepress

Místo vydání

Lisbon

Místo konání akce

Lisbon

Datum konání akce

12. 1. 2015

Typ akce podle státní příslušnosti

WRD - Celosvětová akce

Kód UT WoS článku

—