Objemová rekonstrukce velkých biologických tkáňových vzorků ze sériových fyzických řezů s použitím konfokální mikroskopie a korekce deformací elastickou deformací

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F67985823%3A_____%2F09%3A00323668" target="_blank" >RIV/67985823:_____/09:00323668 - isvavai.cz</a>

Nalezeny alternativní kódy

RIV/00216208:11110/09:3835 RIV/68407700:21460/09:00153773

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Volume reconstruction of large tissue specimens from serial physical sections using confocal microscopy and correction of cutting deformations by elastic registration

Popis výsledku v původním jazyce

A set of methods leading to volume reconstruction of biological specimens larger than the field of view of a confocal laser scanning microscope (CLSM) is presented. Large tissue specimens are cut into thin physical slices and volume data sets are captured from all studied physical slices by CLSM. Overlapping spatial tiles of the same physical slice are stitched in horizontal direction. Image volumes of successive physical slices are linked in axial direction by applying an elastic registration algorithmto compensate for deformations due to cutting the specimen. We present a method enabling us to keep true object morphology using a-priori information about the shape and size of the specimen, available from images of the cutting planes captured by a USBlight microscope immediately before cutting the specimen by a microtome. The errors introduced by elastic registration are evaluated using a stereological point counting method and the Procrustes distance

Název v anglickém jazyce

Volume reconstruction of large tissue specimens from serial physical sections using confocal microscopy and correction of cutting deformations by elastic registration

Popis výsledku anglicky

A set of methods leading to volume reconstruction of biological specimens larger than the field of view of a confocal laser scanning microscope (CLSM) is presented. Large tissue specimens are cut into thin physical slices and volume data sets are captured from all studied physical slices by CLSM. Overlapping spatial tiles of the same physical slice are stitched in horizontal direction. Image volumes of successive physical slices are linked in axial direction by applying an elastic registration algorithmto compensate for deformations due to cutting the specimen. We present a method enabling us to keep true object morphology using a-priori information about the shape and size of the specimen, available from images of the cutting planes captured by a USBlight microscope immediately before cutting the specimen by a microtome. The errors introduced by elastic registration are evaluated using a stereological point counting method and the Procrustes distance

Druh

J_x - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

CEP obor

JD - Využití počítačů, robotika a její aplikace

OECD FORD obor

—

Projekt

Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Rok uplatnění

2009

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Microscopy Research Technique

ISSN

1059-910X

e-ISSN

—

Svazek periodika

72

Číslo periodika v rámci svazku

2

Stát vydavatele periodika

US - Spojené státy americké

Počet stran výsledku

10

Strana od-do

—

Kód UT WoS článku

263511100008

EID výsledku v databázi Scopus

—