Elastická registrace následných souborů optických řezů získaných rastrovacím laserovým konfokálním mikroskopem - modul uživatelského softwarové rozhraní Rapid3D

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F68407700%3A21460%2F07%3A12132753" target="_blank" >RIV/68407700:21460/07:12132753 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

Elastická registrace následných souborů optických řezů získaných rastrovacím laserovým konfokálním mikroskopem - modul uživatelského softwarové rozhraní Rapid3D

Popis výsledku v původním jazyce

Elastická registrace je zde aplikována pro objemovou rekonstrukci biologických preparátů s vysokým rozlišením. Preparáty jsou snímány rastrovacím laserovým konfokálním mikroskopem a jejich tloušťku je nutné přizpůsobit hloubce proniku laserového paprskukonfokálního mikroskopu. Toto přizpůsobení se děje mikrotomem, kdy z biologického preparátu jsou nakrájeny tenké fyzické řezy o požadované tloušťce. Modul pro elastickou registraci následných souborů optických řezů umožňuje vertikálně slícovat série optických řezů, které byly získané z následných tenkých fyzických řezů téhož biologického preparátu konfokálním mikroskopem. Postupným lícováním všech sérií se vytváří digitální objem reprezentující celý biologický preparát. Fyzické krájení preparátu mikrotomem vnáší prostorové deformace a ztrátu části informace způsobenou prořezem. Elastická registrace umožňuje tyto efekty částečně kompenzovat a dosáhnout objemové rekonstrukce s menším množstvím prostorových diskontinuit.

Název v anglickém jazyce

Elastic Registration of Successive Stacks of Optical Sections Captured by a Confocal Laser Scanning Microscope - a Module for the Rapid3D User Software Interface

Popis výsledku anglicky

We apply elastic registration for volume reconstruction using 3D images of biological specimens with high resolution. Specimens are captured by a confocal laser scanning microscope and their thickness is necessary to adjust to the depth of penetration ofthe laser beam of the confocal microscope. This adjustment is performed by a microtome by cutting the specimen into physical slices of the required thickness. The software module for elastic registration of successive stacks of optical sections enablesus to align vertically the stacks captured from successive physical slices of the same biological specimen by a confocal microscope. By consecutive alignment of all successive stacks we obtain the resulting 3D representation of the whole biological specimen. Physical cutting of the specimen introduces spatial deformations of objects and the loss of information due to offcut. Elastic registration is capable to achieve volume reconstruction with small amount of spatial discontinuities.

Druh

X - Nezařazeno

CEP obor

JC - Počítačový hardware a software

OECD FORD obor

—

Projekt

—

Návaznosti

Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Rok uplatnění

2007

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů