Dataset of molecular dynamics simulation trajectories of amino-acid solutions with various force fields, water models and modified force field parameters

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F67985882%3A_____%2F20%3A00538173" target="_blank" >RIV/67985882:_____/20:00538173 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

<a href="https://doi.org/10.1016/j.dib.2020.105483" target="_blank" >https://doi.org/10.1016/j.dib.2020.105483</a>

DOI - Digital Object Identifier

<a href="http://dx.doi.org/10.1016/j.dib.2020.105483" target="_blank" >10.1016/j.dib.2020.105483</a>

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Dataset of molecular dynamics simulation trajectories of amino-acid solutions with various force fields, water models and modified force field parameters

Popis výsledku v původním jazyce

We present molecular dynamics (MD) trajectories of water solutions of eight zwitterionic amino-acids (L- form) glycine (GLY), alanine (ALA), proline (PRO), threonine (THR), leucine (LEU), glutamine (GLN), histidine (HIS) and tyrosine (TYR) using various force field (OPLS-AA, Amber99ff-SB, GROMOS96 54a7, CHARMMI9) and water model (SPC/E, TIP3P) combinations. Additionally, we present OPLS-AA molecular dynamics (MD) trajectories for alanine (ALA), leucine (LEU), glutamine (GLN), and tyrosine (TYR) varying the values of major force field parameters: charge on all amino acid atoms, bond length (all amino acid bonds), Lennard-Jones potential epsilon parameter and stiffness of bond angles. Our data enable to uncover sensitivity of molecular dynamics derived analysis to variation of force field and water models and force field parameters. This data set was used to understand the effect of molecular dynamics parameters on dielectric properties of amino acid solutions

Název v anglickém jazyce

Dataset of molecular dynamics simulation trajectories of amino-acid solutions with various force fields, water models and modified force field parameters

Popis výsledku anglicky

We present molecular dynamics (MD) trajectories of water solutions of eight zwitterionic amino-acids (L- form) glycine (GLY), alanine (ALA), proline (PRO), threonine (THR), leucine (LEU), glutamine (GLN), histidine (HIS) and tyrosine (TYR) using various force field (OPLS-AA, Amber99ff-SB, GROMOS96 54a7, CHARMMI9) and water model (SPC/E, TIP3P) combinations. Additionally, we present OPLS-AA molecular dynamics (MD) trajectories for alanine (ALA), leucine (LEU), glutamine (GLN), and tyrosine (TYR) varying the values of major force field parameters: charge on all amino acid atoms, bond length (all amino acid bonds), Lennard-Jones potential epsilon parameter and stiffness of bond angles. Our data enable to uncover sensitivity of molecular dynamics derived analysis to variation of force field and water models and force field parameters. This data set was used to understand the effect of molecular dynamics parameters on dielectric properties of amino acid solutions

Druh

J_imp - Článek v periodiku v databázi Web of Science

CEP obor

—

OECD FORD obor

20201 - Electrical and electronic engineering

Projekt

<a href="/cs/project/GA18-23597S" target="_blank" >GA18-23597S: Vysokofrekvenční mikrozařízení pro ovládání proteinových nanomotorů</a><br>

Návaznosti

I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Rok uplatnění

2020

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Data in Brief

ISSN

2352-3409

e-ISSN

—

Svazek periodika

30

Číslo periodika v rámci svazku

June

Stát vydavatele periodika

DE - Spolková republika Německo

Počet stran výsledku

5

Strana od-do

105483

Kód UT WoS článku

000542612000019

EID výsledku v databázi Scopus

2-s2.0-85083549141