Online software for species distribution modeling in Czechia

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F67985939%3A_____%2F19%3A00522921" target="_blank" >RIV/67985939:_____/19:00522921 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

<a href="https://predikce.ibot.cas.cz/" target="_blank" >https://predikce.ibot.cas.cz/</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Online software for species distribution modeling in Czechia

Popis výsledku v původním jazyce

Online software for species distribution modelling (SDM) especially aiming on bryophytes and lichens in Czechia. Using scripting platform R (R Core Team 2016) package caret (Kuhn 2008) software returns two SDMs based on linear regression and random forest algorithms. Based on models, software returns the prediction map of potential habitat suitability for target species. Predictions are based on environmental data form CzechGrids d-base created by Institute of botany in 2018. There are climatic, topographic, landscape and forest data available. Output maps have cell size of 10 m, covering whole Czechia or its subset. The map is grid/raster in GeoTiff format of coordinate reference system EPSG:32633. Output is ready to be used in GIS software. DaLiBor_predict2019 has online graphical user interface, iterative task communicates with a user via emails providing model evaluations and asking for user inputs in prediction.

Název v anglickém jazyce

Online software for species distribution modeling in Czechia

Popis výsledku anglicky

Online software for species distribution modelling (SDM) especially aiming on bryophytes and lichens in Czechia. Using scripting platform R (R Core Team 2016) package caret (Kuhn 2008) software returns two SDMs based on linear regression and random forest algorithms. Based on models, software returns the prediction map of potential habitat suitability for target species. Predictions are based on environmental data form CzechGrids d-base created by Institute of botany in 2018. There are climatic, topographic, landscape and forest data available. Output maps have cell size of 10 m, covering whole Czechia or its subset. The map is grid/raster in GeoTiff format of coordinate reference system EPSG:32633. Output is ready to be used in GIS software. DaLiBor_predict2019 has online graphical user interface, iterative task communicates with a user via emails providing model evaluations and asking for user inputs in prediction.

Druh

R - Software

CEP obor

—

OECD FORD obor

10611 - Plant sciences, botany

Projekt

<a href="/cs/project/TH02030644" target="_blank" >TH02030644: Systém predikčního modelování výskytu ohrožených druhů mechorostů a lišejníků pro aplikované využití v ochraně přírody</a><br>

Návaznosti

I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Rok uplatnění

2019

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Interní identifikační kód produktu

DaLiBor_predict2019

Technické parametry

Online software využívající programovací jazyk R. Aplikace běží v Docker kontejneru odvozeném od image rocker/r-ver dostupného na DockerHubu, tento je založený na Debian Linux a obsahuje stable verzi R. Kontejner beží jako služba na vnitřní síti Botanického ústavu, pomocí R balíčku Plumber (Trestle Technology 2017) poskytuje své služby formou REST API. Veřejné rozhraní je obsluhováno PHP aplikací založené na frameworku Nette. Obsahuje webový formulář pro sběr dat od uživatele, zajištuje uložení vstupních dat tasku do databáze a řídí frontu výpočetních úloh posílaných na predikční API. Uživatel je o dokončení tasku nebo jeho části notifikován od UI emailem. Zdrojový kód a technická dokumentace: https://github.com/manmatej/DaLiBor_predict2019

Ekonomické parametry

Software podléhá licenci Creative Commons, což je open-source licence a je tedy poskytován volně včetně zdrojových kódů. Běh uživatelských úloh je zajišťován bezplatně ve výpočetní infrastruktuře Botanického ústavu, ale je snadné jej implementovat na jakémkoli adekvátním hardware.

IČO vlastníka výsledku

67985939

Název vlastníka

Botanický ústav AV ČR, v. v. i.