K lepšímu porozumění neobvyklých struktur řetězců DNA tvořených střídavou sekvencí guaninu a adeninu

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F68081707%3A_____%2F07%3A00080793" target="_blank" >RIV/68081707:_____/07:00080793 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Towards a better understanding of the unusual conformations of the alternating guanine-adenine repeat strands of DNA

Popis výsledku v původním jazyce

Alternating guanine-adenine strands of DNA are known to form unusual structures in aqueous solution. The present work is focused on properties of (G-bromo8A)10, (bromo8G-A)10, (G-7deaza8azaA)10, and (7deaza8azaG-A)10. These modified DNAs were chosen because the bulky bromine atom in position 8 fixes the purine nucleotides in the unusual syn glycosidic orientation and because the 7deaza8aza analogs are unable to pair in the Hoogsteen manner. The studies showed that the syn glycosidic orientation of dA residues promoted the neutral homoduplex whereas the syn orientation of dG was incompatible with the homoduplex. In addition, Hoogsteen pairing of dA seemed to be a crucial property of the homoduplex whereas dG did not pair in this way. The situation was the same in both single-stranded conformers with the dG residues. On the other hand, the presence of N7 was important with dA but its syn geometry was not favorable.

Název v anglickém jazyce

Towards a better understanding of the unusual conformations of the alternating guanine-adenine repeat strands of DNA

Popis výsledku anglicky

Alternating guanine-adenine strands of DNA are known to form unusual structures in aqueous solution. The present work is focused on properties of (G-bromo8A)10, (bromo8G-A)10, (G-7deaza8azaA)10, and (7deaza8azaG-A)10. These modified DNAs were chosen because the bulky bromine atom in position 8 fixes the purine nucleotides in the unusual syn glycosidic orientation and because the 7deaza8aza analogs are unable to pair in the Hoogsteen manner. The studies showed that the syn glycosidic orientation of dA residues promoted the neutral homoduplex whereas the syn orientation of dG was incompatible with the homoduplex. In addition, Hoogsteen pairing of dA seemed to be a crucial property of the homoduplex whereas dG did not pair in this way. The situation was the same in both single-stranded conformers with the dG residues. On the other hand, the presence of N7 was important with dA but its syn geometry was not favorable.

Druh

J_x - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

CEP obor

BO - Biofyzika

OECD FORD obor

—

Projekt

Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Rok uplatnění

2007

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Biopolymers

ISSN

0006-3525

e-ISSN

—

Svazek periodika

85

Číslo periodika v rámci svazku

1

Stát vydavatele periodika

US - Spojené státy americké

Počet stran výsledku

9

Strana od-do

19-27

Kód UT WoS článku

—

EID výsledku v databázi Scopus

—