Vše

Co hledáte?

Vše
Projekty
Výsledky výzkumu
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”

De novo transcriptome assembly of heavy metal tolerant Silene dioica

Identifikátory výsledku

  • Kód výsledku v IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F68081707%3A_____%2F17%3A00507080" target="_blank" >RIV/68081707:_____/17:00507080 - isvavai.cz</a>

  • Nalezeny alternativní kódy

    RIV/61389030:_____/17:00475870

  • Výsledek na webu

    <a href="https://doi.org/10.1016/j.gdata.2017.01.004" target="_blank" >https://doi.org/10.1016/j.gdata.2017.01.004</a>

  • DOI - Digital Object Identifier

    <a href="http://dx.doi.org/10.1016/j.gdata.2017.01.004" target="_blank" >10.1016/j.gdata.2017.01.004</a>

Alternativní jazyky

  • Jazyk výsledku

    angličtina

  • Název v původním jazyce

    De novo transcriptome assembly of heavy metal tolerant Silene dioica

  • Popis výsledku v původním jazyce

    Silene dioica is a dioecious plant of the family Caryophyllaceae. In the present study, we used Illumina sequencing technology (MiSeq) to sequence, de novo assembly and annotate the transcriptomes of male and female copper tolerant S. dioica individuals. We sequenced the normalized mRNA of roots, shoots, flower buds and flowers for each sex. Raw reads of the transcriptome assembly project for S. dioica male and female individual have been deposited in NCBI's Sequence Read Archive (SRA) database with the accession number SRP094611. The Trinity and Detonate program was used to de novo assembly 92,347 transcripts for male and 94,757 transcripts for female transcriptome. The assembled transcriptome sequences for S. dioica male and female individuals can be accessed at NCBI with the following accession numbers: GFCG00000000 (male), GFCH00000000 (female). The obtained transcriptomic data will be useful for further studies focusing on copper tolerance, comparative transcriptome analysis with other Silene species and sex chromosomes evolution. (C) 2017 The Authors. Published by Elsevier Inc.

  • Název v anglickém jazyce

    De novo transcriptome assembly of heavy metal tolerant Silene dioica

  • Popis výsledku anglicky

    Silene dioica is a dioecious plant of the family Caryophyllaceae. In the present study, we used Illumina sequencing technology (MiSeq) to sequence, de novo assembly and annotate the transcriptomes of male and female copper tolerant S. dioica individuals. We sequenced the normalized mRNA of roots, shoots, flower buds and flowers for each sex. Raw reads of the transcriptome assembly project for S. dioica male and female individual have been deposited in NCBI's Sequence Read Archive (SRA) database with the accession number SRP094611. The Trinity and Detonate program was used to de novo assembly 92,347 transcripts for male and 94,757 transcripts for female transcriptome. The assembled transcriptome sequences for S. dioica male and female individuals can be accessed at NCBI with the following accession numbers: GFCG00000000 (male), GFCH00000000 (female). The obtained transcriptomic data will be useful for further studies focusing on copper tolerance, comparative transcriptome analysis with other Silene species and sex chromosomes evolution. (C) 2017 The Authors. Published by Elsevier Inc.

Klasifikace

  • Druh

    J<sub>imp</sub> - Článek v periodiku v databázi Web of Science

  • CEP obor

  • OECD FORD obor

    10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)

Návaznosti výsledku

  • Projekt

  • Návaznosti

    I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Ostatní

  • Rok uplatnění

    2017

  • Kód důvěrnosti údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Údaje specifické pro druh výsledku

  • Název periodika

    GENOMICS DATA

  • ISSN

    2213-5960

  • e-ISSN

  • Svazek periodika

    11

  • Číslo periodika v rámci svazku

    MAR 2017

  • Stát vydavatele periodika

    NL - Nizozemsko

  • Počet stran výsledku

    2

  • Strana od-do

    118-119

  • Kód UT WoS článku

    000395325800030

  • EID výsledku v databázi Scopus