Kompenzace útlumu jasu konfokálních obrazů s hloubkou s použitím řezů grafem a deformačního modelu založeným na Markovských náhodných polích

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F68407700%3A21460%2F08%3A12148112" target="_blank" >RIV/68407700:21460/08:12148112 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

Kompenzace útlumu jasu konfokálních obrazů s hloubkou s použitím řezů grafem a deformačního modelu založeným na Markovských náhodných polích

Popis výsledku v původním jazyce

Předmětem našeho studia jsou fluorescenční optické řezy, tj. 3D obrazy, získané laserovým rastrovacím konfokálním mikroskopem z biomedicínských preparátů. Intenzity pixelů optických řezů z hlubších vrstev preparátu jsou často menší (tmavší) než intenzityřezů z povrchových vrstev následkem absorpce a rozptylu, jak excitačního, tak emitovaného fluorescenčního světla. Problém řešíme aplikováním modelu využívající Markovská náhodná pole, který zahrnuje deformační model pro sledování struktur ve 3D obrazech, pro výpočet optického toku souborem optických řezů. Příslušný optimalizační problém řešíme pomocí řezů grafem (graph cuts). Intenzity optických řezů jsou poté odhadnuty na základě nalezeného optického toku. Výsledné intenzity pixelů jsou získány pomocílícování kumulativních histogramů originálních optických řezů a řezů odhadnutých pomocí optického toku.

Název v anglickém jazyce

Compensation of the Light Attenuation with Depth of Images Captured by a Confocal Microscope Using a MRF Deformation Model and Graph Cuts

Popis výsledku anglicky

We study series of fluorescent optical sections, i.e. three-dimensional (3D) biomedical images, captured by a confocal laser scanning microscope (CLSM). Fluorescent image intensities of optical sections from deep layers of the specimen are often darker than intensities of sections from the top layers due to absorption and scattering of both excitation and fluorescent light. To solve this problem we apply a Markov Random Field (MRF) model - including an efficient deformation model for tracking structureswithin the 3D images - for computation of optical flow. We approach the corresponding optimization problem by the graph cuts. Image intensities of optical sections are recomputed according to the found optical flow, since the flow gives us evaluation oftheir proper brightness. Finally, the light attenuation with depth is compensated by matching accumulative histograms of optical sections of the original series with respect to optical sections improved by the optical flow.

Druh

R - Software

CEP obor

IN - Informatika

OECD FORD obor

—

Projekt

—

Návaznosti

S - Specificky vyzkum na vysokych skolach

Rok uplatnění

2008

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Interní identifikační kód produktu

AttenCuts 1.0

Technické parametry

Softwarový systém určený pro PC

Ekonomické parametry

—

IČO vlastníka výsledku

68407700

Název vlastníka

České vysoké učení technické v Praze, Fakulta biomedicínského inž.