Nové metody pro předpověď a vizualizaci sekundárních struktur ribozomálních ribonukleových kyselin - integrované řešení

Poskytovatel

Grantová agentura České republiky

Program

Standardní projekty

Veřejná soutěž

Standardní projekty 19 (SGA0201500001)

Hlavní účastníci

Mikrobiologický ústav AV ČR, v. v. i.
Univerzita Karlova / Matematicko-fyzikální fakulta

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

15-00885S

Název projektu anglicky

Novel methods for computational prediction and visualization of secondary structures of ribosomal ribonucleic acids - an integrated solution

Anotace anglicky

Ribosomal ribonucleic acid (rRNA) is essential for the proteins synthesis, one of the most basic biological processes. To understand its mechanisms, the knowledge of the rRNA structure is required as it forms the structural core of the protein synthesizing unit, the ribosome. Experimental identification of rRNA structure is extremely technically difficult. Secondary structure, a simplified structural model, can be predicted, but prediction for rRNAs is hindered by extreme length of rRNA sequences. Thus, only few eukaryotic rRNA structures are available so far. We will employ information about evolutionary conserved segments of eukaryotic rRNA sequences for secondary structure prediction. An algorithmic workflow integrating the secondary structure prediction pipeline, visualization algorithm and database of the predicted structures will be developed. The predicted rRNA structures will be used for a novel bioinformatic identification of evolutionary conserved structural motifs in eukaryotic rRNAs that may bring new insights into the role of rRNA in the protein synthesis.

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

CEP - hlavní obor

IN - Informatika

CEP - vedlejší obor

BO - Biofyzika

CEP - další vedlejší obor

—

OECD FORD - odpovídající obory
(dle převodníku)

10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
10610 - Biophysics

Hodnocení poskytovatelem

U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)

Zhodnocení výsledků projektu

Projekt splnil všechny základní výzkumné, publikační i implementační cíle jak v oblasti predikce, tak v oblasti vizualizace sekundární struktury RNA. Klíčové publikace jsou tématicky relevantní a vyšly v kvalitních bioinformatických časopisech. Implementace jsou přístupné formou veřejně dostupných webových stránek, dokumentovaných a vybavených ilustračními příklady.

Zahájení řešení

1. 1. 2015

Ukončení řešení

25. 4. 2019

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

27. 4. 2017

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP20-GA0-GA-U/01:1

Datum dodání záznamu

2. 7. 2020

Celkové uznané náklady

4 593 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

4 593 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

0 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč