Nové metody pro předpověď a vizualizaci sekundárních struktur ribozomálních ribonukleových kyselin - integrované řešení

Poskytovatel
Grantová agentura České republiky
Program
Standardní projekty
Veřejná soutěž
Standardní projekty 19 (SGA0201500001)
Hlavní účastníci
Mikrobiologický ústav AV ČR, v. v. i.<br>Univerzita Karlova / Matematicko-fyzikální fakulta
Druh soutěže
VS - Veřejná soutěž
Číslo smlouvy
15-00885S

Název projektu anglicky
Novel methods for computational prediction and visualization of secondary structures of ribosomal ribonucleic acids - an integrated solution
Anotace anglicky
Ribosomal ribonucleic acid (rRNA) is essential for the proteins synthesis, one of the most basic biological processes. To understand its mechanisms, the knowledge of the rRNA structure is required as it forms the structural core of the protein synthesizing unit, the ribosome. Experimental identification of rRNA structure is extremely technically difficult. Secondary structure, a simplified structural model, can be predicted, but prediction for rRNAs is hindered by extreme length of rRNA sequences. Thus, only few eukaryotic rRNA structures are available so far. We will employ information about evolutionary conserved segments of eukaryotic rRNA sequences for secondary structure prediction. An algorithmic workflow integrating the secondary structure prediction pipeline, visualization algorithm and database of the predicted structures will be developed. The predicted rRNA structures will be used for a novel bioinformatic identification of evolutionary conserved structural motifs in eukaryotic rRNAs that may bring new insights into the role of rRNA in the protein synthesis.

Kategorie VaV
ZV - Základní výzkum
CEP - hlavní obor
IN - Informatika
CEP - vedlejší obor
BO - Biofyzika
CEP - další vedlejší obor
—
OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)
10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)<br>10610 - Biophysics

Hodnocení poskytovatelem
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Zhodnocení výsledků projektu
Projekt splnil všechny základní výzkumné, publikační i implementační cíle jak v oblasti predikce, tak v oblasti vizualizace sekundární struktury RNA. Klíčové publikace jsou tématicky relevantní a vyšly v kvalitních bioinformatických časopisech. Implementace jsou přístupné formou veřejně dostupných webových stránek, dokumentovaných a vybavených ilustračními příklady.

Důvěrnost údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Systémové označení dodávky dat
CEP20-GA0-GA-U/01:1
Datum dodání záznamu
2. 7. 2020

Podobné projekty(10)