Mapování konformačního prostoru krátkých peptidů pokročilými kvantově-chemickými a solvatačními metodami: klíč k pochopení struktury proteinů?

Poskytovatel

Grantová agentura České republiky

Program

Standardní projekty

Veřejná soutěž

Standardní projekty 21 (SGA0201700001)

Hlavní účastníci

Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

17-24155S

Název projektu anglicky

Exploring Conformational Space of Short Peptides by Advanced Quantum Chemical and Solvation Methods: A Key to Understand Protein Structures?

Anotace anglicky

The aim of the project is detailed and exhaustive mapping of the complex conformational space of short peptides and investigation of the relation between the variability of this space and protein folding. This involves development and calibration of an efficient and robust protocol ensuring that all local minima on the free energy surface of medium-sized molecules (100-200 atoms) are identified. The protocol will be based on accurate, yet efficient quantum chemical methods and advanced solvation method, such as COSMO-RS. A full conformational space of the tripeptides composed of 20 naturally occurring amino acids (8000 systems) will then be computed, cataloged, and analyzed. An extension of the system size for selected sequences (up to hexapeptides) may reveal the conformational "size-extensivity". Finally, taking a full advantage of a large and complete set of (presumably accurate) "ab initio" data we will compare them with the existing folds in proteins which may ultimately answer the fundamental question: ”How much of the protein structure is encoded in its building blocks?"

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

CEP - hlavní obor

CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie

CEP - vedlejší obor

—

CEP - další vedlejší obor

—

OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

10403 - Physical chemistry

Hodnocení poskytovatelem

U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)

Zhodnocení výsledků projektu

Cílem projektu bylo porozumět „pravidlům hry na skládání proteinů“ pomocí konformačního vzorkování kvantově-chemickými metodami. Výsledkem bylo mnoho zajímavých výsledků v tomto směru a projekt otevřel také nové otázky. Celkově byl projekt úspěšný. Výsledkem práce bylo 8 publikací v časopisech v oblasti fyzikální chemie, výpočetní chemie a obecné chemie. Do projektu byli zapojeni studenti.

Zahájení řešení

1. 1. 2017

Ukončení řešení

31. 12. 2019

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

3. 4. 2019

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP20-GA0-GA-U/02:1

Datum dodání záznamu

23. 7. 2020

Celkové uznané náklady

5 100 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

3 531 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

1 569 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč