Víceúrovňové metody pro simulace nestrukturovaných proteinů

Poskytovatel

Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy

Program

INTER-EXCELLENCE II

Veřejná soutěž

SMSM2024LU004

Hlavní účastníci

Vysoká škola chemicko-technologická v Praze / Fakulta potravinářské a biochemické technologie

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

-

Název projektu anglicky

Multiscale methods for simulations of unstructured proteins

Anotace anglicky

The goal of the project is to develop a new method for simple prediction of protein dynamics on the basis of the prediction of its structure by AlphaFold or similar program. The method will be based on the prediction of probabilities of the distances between individual residues. This information will be converted into coarse-grained models of protein dynamics. These models will be used to build a map of the conformational space of the protein. Finally, by molecular dynamics simulations and metadynamice, the conformational space will be explored and characterized in terms of conformational change thermodynamics. The method will be tested in collaboration with two partners of the COST action (Slovakia, Denmark), on a tau protein fragment and its oligomers, or on fragments of the p14ARF protein. The method will be presented in the form of a publication in a scientific journal, computer program or as a web service.

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

OECD FORD - hlavní obor

10608 - Biochemistry and molecular biology

OECD FORD - vedlejší obor

10403 - Physical chemistry

OECD FORD - další vedlejší obor

—

CEP - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

CE - Biochemie<br>CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie<br>EB - Genetika a molekulární biologie

Zahájení řešení

1. 9. 2024

Ukončení řešení

30. 9. 2026

Poslední stav řešení

B - Běžící víceletý projekt

Poslední uvolnění podpory

24. 2. 2025

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP25-MSM-LU-R

Datum dodání záznamu

7. 3. 2025

Celkové uznané náklady

2 660 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

2 660 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

0 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč