Strukturní dynamika, molekulové interakce a funkce klíčových motivů RNA
Cíle projektu
Studium základních principů, jak molekulové interakce ovlivňují folding a funkci velkých molekul RNA, jako je ribosom, s použítím nejmodernějších metod počítačové chemie (počítačových simulací s explicitním zahrnutím solventu a kvantové chemie) a bioinformatiky, v úzké spolupráci s experimentálními laboratořemi. Projekt je zaměřen na energetiku molekulových interakcí a stochastické pohyby základních stavebních modulů RNA. Jak energetika, tak stochastické pohyby jsou mimořádně důležité vlastnosti, kteréale lze jen velmi omezeně charakterizovat dostupnými experimentálními metodami. Studovány budou zejména autonomní RNA moduly střední velikosti, tzv. RNA motivy. Cíle jsou mj. lépe pochopit pravidla, jimiž se řídí kovariace bází v sekvencích RNA, vysvětlit, proč některé isosterické substituce nejsou během evoluce téměř nikdy realizovány a proč někdy dochází k záměnám funkčních motivů v homologních molekulách RNA. Dále klasifikovat vertikální interakce bází v RNA se zahrnutím energií, katalogizovat strukturně-dynamické vlastnosti RNA motivů a zpřesnit 2D predikce interních RNA smyček.
Klíčová slova
structurefunctionRNAmoleculardynamicsquantumchemistrybioinformaticsribosomebasepairsRNAmotifs
Veřejná podpora
Poskytovatel
Grantová agentura České republiky
Program
Standardní projekty
Veřejná soutěž
Standardní projekty 12 (SGA02009GA-ST)
Hlavní účastníci
—
Druh soutěže
VS - Veřejná soutěž
Číslo smlouvy
203-09-1476
Alternativní jazyk
Název projektu anglicky
Structural dynamics, molecular interactions and function of key RNA motifs
Anotace anglicky
Study of the basic principles how molecular interactions influence folding and function of large RNAs, such as the ribosome. The research will be conducted using state of the art computational (explicit solvent simulations and quantum chemistry) and bioinformatics methods, in a close cooperation with experimental laboratories. It aims primarily at analysis of energies of molecular interactions and description of stochastic flexibilities of basic RNA building blocks. Both features are crucial for function of RNAs but are very difficult to assess by experiments. The research will mainly be directed to key medium-sized autonomous RNA building blocks, with the aim to rationalize covariation principles in RNA sequences, explain lack of certain isosteric substitutions during evolution, analyze motif swaps in homologous RNAs, classify RNA base stacking patterns with inclusion of the stacking energies, catalogue structural dynamics of RNA motifs and improve 2D predictions of internal RNA loops.
Vědní obory
Kategorie VaV
ZV - Základní výzkum
CEP - hlavní obor
CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
CEP - vedlejší obor
CE - Biochemie
CEP - další vedlejší obor
EB - Genetika a molekulární biologie
OECD FORD - odpovídající obory
(dle převodníku)10403 - Physical chemistry
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)
10605 - Developmental biology
10608 - Biochemistry and molecular biology
10609 - Biochemical research methods
30101 - Human genetics
Hodnocení dokončeného projektu
Hodnocení poskytovatelem
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Zhodnocení výsledků projektu
Dle hlavního cíle projektu, řešitelský tým významně přispěl k prohloubení znalostí o RNA, fyzikální chemii molekulových interakcí modulárních částí RNA i o způsobech začlenění RNA do větších celků.Projekt byl vyřešen na vynikající úrovni. Dokladem je i ?
Termíny řešení
Zahájení řešení
1. 1. 2009
Ukončení řešení
31. 12. 2012
Poslední stav řešení
U - Ukončený projekt
Poslední uvolnění podpory
1. 4. 2012
Dodání dat do CEP
Důvěrnost údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Systémové označení dodávky dat
CEP13-GA0-GA-U/02:3
Datum dodání záznamu
17. 5. 2016
Finance
Celkové uznané náklady
2 812 tis. Kč
Výše podpory ze státního rozpočtu
2 812 tis. Kč
Ostatní veřejné zdroje financování
0 tis. Kč
Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.
0 tis. Kč
Základní informace
Uznané náklady
2 812 tis. Kč
Statní podpora
2 812 tis. Kč
0%
Poskytovatel
Grantová agentura České republiky
CEP
CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
Doba řešení
01. 01. 2009 - 31. 12. 2012