Superhelikální struktura a dynamika velmi dlouhých fragmentů DNA ve vodném prostředí

Poskytovatel

Grantová agentura České republiky

Program

Standardní projekty

Veřejná soutěž

—

Hlavní účastníci

Ústav fyzikální chemie J. Heyrovského AV ČR, v. v. i.

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

—

Název projektu anglicky

Superhelical structure and dynamics of very long DNA fragments in water phase

Anotace anglicky

The knowledge of DNA superhelical structure and its time development is important in many branches of molecular biology. For this purpose, numerical simulations of very long DNA fragments (hundreds to thousands base pairs) in physiological conditions (inwater with ions and at physiological temperature) are a useful tool. The simulations cannot be performed on the atomic scale - the system is too big. In this case, the so called Brownian dynamics is a suitable method. However, for the simulations to be successful it is necessary to know elastic properties of the fragment (the stretch, torsion and bending elasticity). In the proposed project we want to use the knowledge of the base pairs interactions from the main project as well as our own simulations of short DNA oligomers to construct systematically the DNA elastic potentials. We will focus especially on sequential dependence, anharmonicity and anisotropy. We will then use those potentials in Brownian dynamics simulations of the time development of

Kategorie VaV

—

CEP - hlavní obor

CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie

CEP - vedlejší obor

CH - Jaderná a kvantová chemie, fotochemie

CEP - další vedlejší obor

—

OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

10402 - Inorganic and nuclear chemistry<br>10403 - Physical chemistry

Hodnocení poskytovatelem

U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)

Zhodnocení výsledků projektu

Byly získány zajímavé nové poznatky, které přispěly k úspěšnému řešení nosného projektu garanta. Závěrečná karta informuje objektivně o průběhu řešení a jeho výsledcích. Výsledky byly publikovány v renomovaném časopise. Nicméně počet publikačních výstupů

Zahájení řešení

1. 1. 1999

Ukončení řešení

1. 1. 2001

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

—

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP/2002/GA0/GA02GA/U/N/7:3

Datum dodání záznamu

1. 4. 2003

Celkové uznané náklady

856 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

641 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

645 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč