Strukturní studium interakcí mezi proteiny a RNA účastnící se v mechanismu kontroly kvality RNA
Cíle projektu
Buňky si kontrolují kvalitu biogeneze RNA v jádře pomocí specializovaných molekulárních strojů. Tyto stroje rozeznávají a degradují zbytky RNA které jsou bočním produktem při zpracování RNA. Tyto stroje ale také degradují špatně zpracované a vadné RNA molekuly. Tyto mechanismy buňce zajištují, že pouze vysoce kvalitní RNA je využita k syntéze proteinů a v ostatních buněčných procesech. Jeden z mechanismů kontroly kvality RNA využívá exosom a Trf4/Air2/Mtr4 polyadenylační (TRAMP) komplex. Komplex zvanýTRAMP stimuluje aktivitu exosomu a rozeznává jeho substráty RNA. Budeme studovat jak komplex TRAMP identifikuje poškozenou RNA což je první a nezbytný krok k její degradaci. Navrhujeme použít multidimenzionální NMR spektroskopii k řešení 3D struktur několika komplexů mezi RNA a proteiny které se účastní mechanismu kontroly kvality RNA. Získané strukturní a funkční informace o studovaných systémech pomohou rozluštit kód, kterým buňky rozpoznávají a následně zničí poškozenou RNA.
Klíčová slova
structural biologyNMR spectroscopystructureRNA recognitionRNA quality-control
Veřejná podpora
Poskytovatel
Grantová agentura České republiky
Program
Standardní projekty
Veřejná soutěž
Standardní projekty 11 (SGA02008GA-ST)
Hlavní účastníci
—
Druh soutěže
VS - Veřejná soutěž
Číslo smlouvy
204/08/1212
Alternativní jazyk
Název projektu anglicky
Structural studies of protein-RNA complexes involved in RNA quality control
Anotace anglicky
To control the quality of RNA biogenesis in the nucleus, cells use sophisticated molecular machines. These machines recognize and degrade not only RNA trimmings-the leftovers of RNA processing-but also improperly processed RNAs that contain defects. Using this mechanism, cells ensure that only high-quality RNAs are engaged in protein synthesis and other cellular processes. One of the RNA quality-control pathways involves the exosome and the Trf4/Air2/Mtr4 polyadenylation (TRAMP) complex. The TRAMP complex stimulates activity of the exosome and recruit its RNA substrates. We aim to study how the TRAMP complex identifies the aberrant RNAs and thus recruits them for the degradation machinery. Here we propose to use multidimensional NMR spectroscopy to determine the three-dimensional structure of several protein-RNA complexes that are involved in RNA quality control apparatus. The project is focused on interactions of the RNA-binding subunits of the TRAMP complex and Trf4 with RNA substrates. The
Vědní obory
Kategorie VaV
ZV - Základní výzkum
CEP - hlavní obor
EB - Genetika a molekulární biologie
CEP - vedlejší obor
—
CEP - další vedlejší obor
—
OECD FORD - odpovídající obory
(dle převodníku)10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)
10605 - Developmental biology
10608 - Biochemistry and molecular biology
10609 - Biochemical research methods
30101 - Human genetics
Hodnocení dokončeného projektu
Hodnocení poskytovatelem
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Zhodnocení výsledků projektu
Proteiny vázající RNA hrají důležitou roli při biogenezi RNA. Tyto proteiny rozpoznávají specifické sekvence RNA, rekrutují různé enzymy na specifická místa, řídí sbalování RNA do správných 3D konformací, nebo se například nespecificky nabalují na RNA a?
Termíny řešení
Zahájení řešení
1. 1. 2008
Ukončení řešení
31. 12. 2010
Poslední stav řešení
U - Ukončený projekt
Poslední uvolnění podpory
16. 4. 2010
Dodání dat do CEP
Důvěrnost údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Systémové označení dodávky dat
CEP11-GA0-GA-U/03:3
Datum dodání záznamu
9. 2. 2015
Finance
Celkové uznané náklady
6 990 tis. Kč
Výše podpory ze státního rozpočtu
2 490 tis. Kč
Ostatní veřejné zdroje financování
0 tis. Kč
Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.
4 500 tis. Kč
Základní informace
Uznané náklady
6 990 tis. Kč
Statní podpora
2 490 tis. Kč
35%
Poskytovatel
Grantová agentura České republiky
CEP
EB - Genetika a molekulární biologie
Doba řešení
01. 01. 2008 - 31. 12. 2010