Nové regulační RNA interagující s bakteriálním trankripčním systémem
Cíle projektu
Mezi bakteriemi jsou časté 6S RNA regulační molekuly, které interagují s RNA polymerázou (RNAP) v komplexu s hlavním sigma faktorem. U Mycobacterium smegmatis jsme objevili nový typ malé RNA, která se váže na jádro RNAP, pojmenovali jsme ji Ms1 a ukázali jsme, že Ms1 ovlivňuje množství RNAP. Ms1 jsme našli i u jiných aktinobakterií, např. scr3559 sRNA váže jádro RNAP ve Streptomyces coelicolor. Plánujeme provést RIP-seq (RNA imunoprecipitaci a sekvenování nové generace), abychom identifikovali všechny RNA interagující s transkripčním aparátem u M. tuberculosis, Bifidobacterium bifidum a Corynebacterium glutamicum, kde dosud nebyla nalezena ani 6S ani Ms1. Naše předběžné výsledky ukazují, že kromě 6S/Ms1 se na bakteriální RNAP váží i další RNA. Tyto nové RNA rozšiřují možné mechanismy regulace bakteriální transkripce a my se zaměříme na jejich funkci. 6S RNA a Ms1 RNA byly nalezeny jako první, protože je jich v bakteriích veliké množství, ale jiné, méně exprimované regulační RNA čekají na své objevení.
Klíčová slova
Veřejná podpora
Poskytovatel
Grantová agentura České republiky
Program
Standardní projekty
Veřejná soutěž
SGA0202300001
Hlavní účastníci
Univerzita Karlova / Přírodovědecká fakulta
Druh soutěže
VS - Veřejná soutěž
Číslo smlouvy
23-05622S
Alternativní jazyk
Název projektu anglicky
Novel regulatory RNAs interacting with the transcription machinery in bacteria
Anotace anglicky
Regulatory 6S RNA molecules that interact with RNA polymerase (RNAP) in complex with the primary sigma factor are widespread among bacteria. In Mycobacterium smegmatis, we discovered a new type of small RNA which binds to RNAP core, named it Ms1 and showed that Ms1 regulates the amount of RNAP. We found Ms1 homologs in other actinobacteria, e.g. scr3559 sRNA binds RNAP core in Streptomyces coelicolor. We plan to perform RIP-seq (RNA immunoprecipitation and next-generation sequencing) to identify a complete set of RNAs interacting with the transcription machinery in M. tuberculosis, Bifidobacterium bifidum and Corynebacterium glutamicum, where no 6S/Ms1 have been reported. Our preliminary data show that in addition to 6S/Ms1, other RNAs associate with bacterial RNAP. These novel RNAP-binding RNAs suggest the existence of so far unknown mechanisms of bacterial transcription regulation and we will focus on their function(s). We propose that 6S RNA and Ms1 were the first RNAs identified due to their high abundance; but other; less abundant regulatory RNAs are waiting to be discovered.
Vědní obory
Kategorie VaV
ZV - Základní výzkum
OECD FORD - hlavní obor
30303 - Infectious Diseases
OECD FORD - vedlejší obor
—
OECD FORD - další vedlejší obor
—
CEP - odpovídající obory
(dle převodníku)FN - Epidemiologie, infekční nemoci a klinická imunologie
Termíny řešení
Zahájení řešení
1. 1. 2023
Ukončení řešení
31. 12. 2025
Poslední stav řešení
K - Končící víceletý projekt
Poslední uvolnění podpory
29. 2. 2024
Dodání dat do CEP
Důvěrnost údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Systémové označení dodávky dat
CEP25-GA0-GA-R
Datum dodání záznamu
21. 2. 2025
Finance
Celkové uznané náklady
10 938 tis. Kč
Výše podpory ze státního rozpočtu
10 938 tis. Kč
Ostatní veřejné zdroje financování
0 tis. Kč
Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.
0 tis. Kč
Základní informace
Uznané náklady
10 938 tis. Kč
Statní podpora
10 938 tis. Kč
100%
Poskytovatel
Grantová agentura České republiky
OECD FORD
Infectious Diseases
Doba řešení
01. 01. 2023 - 31. 12. 2025