Intramembránové proteasy rodiny rhomboidů – specifita, mechanismus a identifikace substrátů jako klíč k jejich biologickým rolím.

Poskytovatel

Grantová agentura České republiky

Program

Standardní projekty

Veřejná soutěž

Standardní projekty 14 (SGA02011GA-ST)

Hlavní účastníci

Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

P305-11-1886

Název projektu anglicky

Intramembrane proteases of rhomboid family – specificity, mechanism, and substrate identification as a key to their biological roles.

Anotace anglicky

Rhomboids are intramembrane proteases that are known to control developmental signalling, mitochondrial dynamics and pathogenicity of the malaria parasite. Although widely conserved in evolution, their functions in most organisms including mammals and bacteria are unknown, and their substrate specificity and mechanism are poorly understood. Substrates are the keys to their biological roles. As an approach to substrate identification we will use mutagenesis of model substrates, enzymatic analysis and X-ray crystallography to decipher specificity of representative bacterial rhomboids chosen based on phylogenetic and genomic analysis. This will enable genome-wide prediction of their candidate substrates. Subsequent biochemical and genetic analysis of these substrates in model bacteria will reveal the biology of the respective rhomboids. This approach will elucidate substrate specificity and mechanism of rhomboids and their diversity, and provide a platform for rhomboid substrate discovery extendable to other bacterial species including pathogens.

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

CEP - hlavní obor

CE - Biochemie

CEP - vedlejší obor

EB - Genetika a molekulární biologie

CEP - další vedlejší obor

EE - Mikrobiologie, virologie

OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10606 - Microbiology<br>10607 - Virology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>30101 - Human genetics

Hodnocení poskytovatelem

U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)

Zhodnocení výsledků projektu

Projekt přinesl nové poznatky týkající se mechanistického porozumění rhomboidů. Byly vyřešeny první krystalové struktury intramembránové proteasy v komplexu se substrátovými peptidy, které odhalily vazebná místa rhomboidu GlpG. Jde se o první struktury membránového proteinu vyřešené v ČR. Stěžejní publikace byla EMBO Journal (IF = 10,7), kde je Stříšovský korespondující a spoluautoři pouze z ČR.

Zahájení řešení

1. 1. 2011

Ukončení řešení

13. 4. 2015

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

1. 4. 2015

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP16-GA0-GA-U/01:1

Datum dodání záznamu

25. 9. 2017

Celkové uznané náklady

3 819 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

3 819 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

0 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč