Spolehlivé výpočty a predikce NMR chemických posunů pro strukturní charakterizaci fosforylovaných vnitřně neuspořádaných proteinů

Poskytovatel

Grantová agentura České republiky

Program

Juniorské granty

Veřejná soutěž

Juniorské granty 5 (SGA0201900002)

Hlavní účastníci

Univerzita Karlova / Farmaceutická fakulta v Hradci Králové

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

19-14886Y

Název projektu anglicky

Reliable calculations and predictions of NMR chemical shifts for the structural characterization of phosphorylated intrinsically disordered proteins

Anotace anglicky

The ultimate objective of the present project is to propose, develop and implement a set of approaches for the reliable calculation and prediction of nuclear magnetic resonance (NMR) chemical shifts (CSs) in phosphorylated intrinsically disordered proteins (IDPs). The proteins are e.g. involved in the molecular mechanisms of neurodegenerative deseases, such as Parkinson and Alzheimer diseases. High flexibility of the proteins become a major hurdle in structural studies by experimental techniques and computational tools thus become crucial. We will address the gap in the current state-of-the-art and compensate for the sparse experimental data by performing advanced computations combining molecular dynamics and quantum-chemical calculations to obtain 1H, 13C, 15N and 31P chemical shifts. In addition, we will design an efficient software tool for the fast prediction of NMR chemical shifts in IDPs. In this way, the project will facilitate the structural characterization of the proteins in question and contribute to the understanding of neurodegenerative processes and gene expression.

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

OECD FORD - hlavní obor

10403 - Physical chemistry

OECD FORD - vedlejší obor

—

OECD FORD - další vedlejší obor

—

CEP - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie

Zahájení řešení

1. 1. 2019

Ukončení řešení

31. 12. 2022

Poslední stav řešení

—

Poslední uvolnění podpory

27. 5. 2022

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP23-GA0-GJ-R

Datum dodání záznamu

26. 6. 2023

Celkové uznané náklady

5 250 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

5 250 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

0 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč