Extremizace složení genomu orchidejí – příčiny a souvislosti

Poskytovatel

Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy

Program

INTER-EXCELLENCE II

Veřejná soutěž

SMSM2025LU001

Hlavní účastníci

Botanický ústav AV ČR, v. v. i.

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

MSMT-355/2025-36

Název projektu anglicky

Extremization of orchid genome composition - causes and context

Anotace anglicky

The aim of the proposed project is to unravel the mechanism of extremes in the genome composition of orchids with partial endoreplication (PE). To this end, three basic assumptions will be tested: the source of variability is: 1) in particular the third position in codons (coding gene sequences); 2) differences in GC composition of exons and introns (i.e. coding and non-coding gene sequences); 3) accumulation or loss of specific repetitive elements with different nucleotide composition. In the first phase of the project, the aim will be to assemble and annotate reference orchid genomes with the most extreme GC content, at the chromosome level. The second phase will be a comparative analysis of these genomes with other orchid species with sequenced genomes to determine the sources of extreme nucleotide composition of the genomes. The third phase of the project will be an intra-individual analysis of two fractions of nuclei with varying degrees of PE to detect segments of the genome that are or are not replicated. The final phase will be a comparative analysis of the distribution and ecological requirements of orchid species with partial and conventional endoreplication. The data obtained in this way will help to answer the question of what accounts for the extreme variation in nucleotide composition of orchid genomes and which parts of the genome contribute most to it. Furthermore, the project will answer the question of which parts of the genome are duplicated during PE and if these are indeed functional parts of the genome with potential evolutionary advantages. The evolutionary significance of PE will also be investigated from a biogeographical and ecological perspective.

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

OECD FORD - hlavní obor

10611 - Plant sciences, botany

OECD FORD - vedlejší obor

—

OECD FORD - další vedlejší obor

—

CEP - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

EF - Botanika

Zahájení řešení

1. 3. 2025

Ukončení řešení

31. 12. 2028

Poslední stav řešení

Z - Začínající víceletý projekt

Poslední uvolnění podpory

—

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP25-MSM-LU-R

Datum dodání záznamu

5. 2. 2025

Celkové uznané náklady

9 764 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

9 764 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

0 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč