Genetika epilepsií: Diagnostika a objevování nových příčin u dosud neobjasněných pacientů s využitím kombinace omických nástrojů
Cíle projektu
Závažné dětské epilepsie jsou heterogenní skupinou onemocnění, velká část má genetický původ. Až 30% je monogenně podmíněných a u dalších asi 30% jde o polygenní dědičnost. Navrhovaný projekt je pokračováním úspěšného grantu AZV 15-33041, v rámci kterého jsme zavedli do praxe masivně paralelní sekvenování (MPS) panelem genů pro pacienty s epilepsií. Toto vyšetření objasnilo příčinu nemoci asi u 30% z nich. Ale pro dvě třetiny pacientů, u kterých MPS panelu genů neobjasnilo příčinu obtíží, je žádoucí doplnit další vyšetření - a to celoexomové (WES), celogenomové sekvenování (WGS) a long read sequencing (LRS). V projektu proto plánujeme vyšetřit asi 200 již vybraných pacientů s neobjasněnou příčinou epilepsie pomocí WES, a následně bude ze skupiny exom negativních pacientů vybráno asi 40, u kterých provedeme a vyhodnotíme WGS, u části také LRS. Důraz je kladen zejména na pokročilou analýzu dat s využitím kombinace omických nástrojů. Očekáváme, že získáme důležité výsledky - jak klinicky (lepší péče), tak vědecky (nové varianty, nové asociace gen-nemoc, nové mechanizmy) a publikačně.
Klíčová slova
variantaWES – celoexomové sekvenováníWGS – celogenomové sekvenováníLRS – sekvenování pomocí dlouhých čteníMPS – masivně paralelní sekvenováníomické metodyvariantWES – whole exome sequencingWGS – whole genome sequencingLRS – long reads sequencingMPS (massively parallel sequencing)OMICs methods
Veřejná podpora
Poskytovatel
Ministerstvo zdravotnictví
Program
Program na podporu zdravotnického aplikovaného výzkumu na léta 2020 - 2026
Veřejná soutěž
SMZ0202000001
Hlavní účastníci
Univerzita Karlova / 2. lékařská fakulta
Druh soutěže
VS - Veřejná soutěž
Číslo smlouvy
NU20-04-00279
Alternativní jazyk
Název projektu anglicky
Epilepsy genetics: To solve unsolvable cases with combined OMICs tools
Anotace anglicky
Severe childhood epilepsies are extremely heterogenous disorders. As much as 30% is monogenic and further 30% are supposed to be polygenic in origin. The project is a continuation of our previous successful grant AZV 15-33041, in which we implemented a massively parallel sequencing (MPS) gene panel for patients with epilepsy into clinical practice. We showed that MPS gene panel is able to explain the cause of the disease in 30% of patients. However, in the remaining patients, there should be further testing, namely by whole-exome (WES), whole-genome (WGS) and long read sequencing (LRS). We plan to examine about 200 of already selected patients with undiagnosed genetic cause of severe epilepsy by WES. In those patients in which WES is not able to explain the genetic cause, about 40 patients will be further selected for WGS and even for LRS. The focus of the project will be on the advanced data analysis with combined omics tools. We expect to obtain important clinical (better care) and scientific results (novel variants, novel gene-disease associations, new disease mechanisms).
Vědní obory
Kategorie VaV
AP - Aplikovaný výzkum
OECD FORD - hlavní obor
30403 - Technologies involving identifying the functioning of DNA, proteins and enzymes and how they influence the onset of disease and maintenance of well-being (gene-based diagnostics and therapeutic interventions [pharmacogenomics, gene-based therapeutics])
OECD FORD - vedlejší obor
30210 - Clinical neurology
OECD FORD - další vedlejší obor
30209 - Paediatrics
CEP - odpovídající obory
(dle převodníku)EI - Biotechnologie a bionika
FG - Pediatrie
FH - Neurologie, neurochirurgie, neurovědy
Hodnocení dokončeného projektu
Hodnocení poskytovatelem
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Zhodnocení výsledků projektu
Cílem projektu bylo u pacientů se závažnou epilepsií a epileptickou encefalopatií identifikovat kauzální genetickou variantu/varianty příčiny onemocnění . Do projektu bylo vybráno celkem 192 pacientů se závažnou časnou epilepsií a epileptickou encefalopatií. Postupně jsme u pacientů provedli tato vyšetření: WES celkem u 192 pacientů .Podařilo se vybrat dostatečný počet pacientů tak, jak bylo plánováno a provést dostatečný počet vyšetření . Výsledkem projektu je celkem 9 publikací na vynikající úrovni s dedikací projektu, souhrnný IF těchto publikací je: 56,2. Další jedna práce je t.č. v recenzním řízení v časopisu Brain. Souhrnem, tři z těchto prací byly publikovány v časopisech s IF v prvním decilu (D1), další jedna práce v prvním kvartilu (Q1) dle oboru, jedna práce v Q2, dvě práce Q3 a 2 práce Q4.
Termíny řešení
Zahájení řešení
1. 5. 2020
Ukončení řešení
31. 12. 2023
Poslední stav řešení
U - Ukončený projekt
Poslední uvolnění podpory
28. 4. 2023
Dodání dat do CEP
Důvěrnost údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Systémové označení dodávky dat
CEP24-MZ0-NU-U
Datum dodání záznamu
3. 7. 2024
Finance
Celkové uznané náklady
8 984 tis. Kč
Výše podpory ze státního rozpočtu
8 984 tis. Kč
Ostatní veřejné zdroje financování
0 tis. Kč
Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.
0 tis. Kč
Uznané náklady
8 984 tis. Kč
Statní podpora
8 984 tis. Kč
0%
Poskytovatel
Ministerstvo zdravotnictví
OECD FORD
Technologies involving identifying the functioning of DNA, proteins and enzymes and how they influence the onset of disease and maintenance of well-being (gene-based diagnostics and therapeutic interventions [pharmacogenomics, gene-based therapeutics])
Doba řešení
01. 05. 2020 - 31. 12. 2023