Analýza vzorců abnormální signalizace leukocytů u onemocnění dětského věku pomocí hmotnostní cytometrie a strojového učení.
Cíle projektu
Projekt má za cíl odhalit abnormality v nitrobuněčné signalizaci u pacientů s vrozenými poruchami krvetvorby, které se manifestují širokou škálu příznaků v dětském věku. Navrhujeme studovat odpovědi leukocytů na baterii stimulů přes povrchové receptory u pacientů s prokázanými poruchami signálních drah a využít tyto znalosti pro klasifikaci poruch s neznámou genetickou etiologií. Zapojení signáních drah bude na úrovni jednotlivých buněk sledováno detekce fosfo-epitopů kináz pomocí unikátní metody hmotnostní cytometrie (CyTOF). Výsledná >40 parametrová data budou analyzována metodami umělé inteligence a topologické analýzy s cílem najít komplexní vzorce odpovídající poruchám v signalizaci. Tyto vzorce budou dále využity pro zacílené pokročilé molekulárně genetické studie odhalující molekulární podstatu onemocnění a též pro predikci odpovědi na cílenou léčbu. Vytvoříme zjednodušený cytometrický monitoring efektu podané cílené léčby. Studie je koncipována jako observační, s využitím biobankovaného materiálu pacientů ale i prospektivních vzorků.
Klíčová slova
mass cytometryhmotnostní cytometriepediatriedeep learninghluboké učeníPediatricsJAK-STAT pathwayPI3K-AKT-mTOR pathwayinborn errorphospho-profilingJAK-STAT dráhaPI3K-AKT-mTOR dráhavrozená poruchafosfo-profilování
Veřejná podpora
Poskytovatel
Ministerstvo zdravotnictví
Program
Program na podporu zdravotnického aplikovaného výzkumu na léta 2020 - 2026
Veřejná soutěž
SMZ0202300001
Hlavní účastníci
Fakultní nemocnice v Motole
Druh soutěže
VS - Veřejná soutěž
Číslo smlouvy
NU23-07-00170
Alternativní jazyk
Název projektu anglicky
Analysis of patterns of abnormal leukocyte signaling in childhood diseases using mass cytometry and machine learning.
Anotace anglicky
The project aims to detect abnormalities in intracellular signaling in patients with inborn errors of hematopoiesis, which manifest as a wide range of symptoms in childhood. We propose to study leukocyte responses to a battery of stimuli via measurement of surface receptors in patients with established signaling pathway abnormalities. We will subsequently employ this knowledge to classify disorders of unknown genetic etiology. The involvement of signaling pathways will be monitored at the single cell level by detecting phospho-epitopes of kinases using a unique mass cytometry method (CyTOF). The resulting >40 parameter data will be analyzed by artificial intelligence and topological data analysis methods to find complex patterns corresponding to signaling defects. These patterns will be used in targeted advanced molecular genetic studies to reveal the molecular nature of the diseases and to predict response to targeted therapies. We will develop a simplified cytometric monitoring for the effect of administered targeted therapy. Design of the study is observational, using biobanked patient samples as well as prospective ones.
Vědní obory
Kategorie VaV
AP - Aplikovaný výzkum
OECD FORD - hlavní obor
30209 - Paediatrics
OECD FORD - vedlejší obor
—
OECD FORD - další vedlejší obor
—
CEP - odpovídající obory
(dle převodníku)FG - Pediatrie
Termíny řešení
Zahájení řešení
1. 5. 2023
Ukončení řešení
31. 12. 2026
Poslední stav řešení
B - Běžící víceletý projekt
Poslední uvolnění podpory
12. 4. 2024
Dodání dat do CEP
Důvěrnost údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Systémové označení dodávky dat
CEP25-MZ0-NU-R
Datum dodání záznamu
12. 3. 2025
Finance
Celkové uznané náklady
15 611 tis. Kč
Výše podpory ze státního rozpočtu
15 611 tis. Kč
Ostatní veřejné zdroje financování
0 tis. Kč
Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.
0 tis. Kč
Základní informace
Uznané náklady
15 611 tis. Kč
Statní podpora
15 611 tis. Kč
100%
Poskytovatel
Ministerstvo zdravotnictví
OECD FORD
Paediatrics
Doba řešení
01. 05. 2023 - 31. 12. 2026